Los colonos judíos tuvieron que esperar hasta la muerte de la archiduquesa María Teresa de Austria —una mujer católica y muy antisemita— y la ascensión al trono de su hijo, José II, un gobernante tolerante, para obtener el derecho a establecer comunidades en el norte de Croacia, que por entonces llevaba casi tres siglos siendo territorio de los Habsburgo.
Salvo por la probable existencia de una sinagoga en Osijek (la Mursa romana) y algunas referencias aisladas en documentos de entre los siglos XII y XV, la presencia judía anterior en la región pasó prácticamente desapercibida. Sin embargo, antes del edicto de tolerancia de José II de 1781, algunas ciudades, como Krizevci, Koprivnica, Bjelovar y Osijek, permitían a los comerciantes judíos pasar un máximo de tres días allí durante las ferias, pero solo a cambio de un elevado impuesto. Posteriormente, en 1688, el ejército austriaco deportó a 500 judíos de Belgrado para que trabajaran como esclavos en Osijek, que acababa de ser recuperada de manos de los turcos. Unas décadas más tarde, se permitió a los judíos establecerse temporalmente en determinadas ciudades con el fin de garantizar un buen suministro de guarniciones.
No fue hasta 1867, año en que los judíos lograron la emancipación total bajo el Imperio austrohúngaro, cuando sus comunidades comenzaron a desarrollarse en Hungría, de la que formaba parte integrante, en aquel momento, el norte de Croacia. Los judíos croatas sumaban 13 500 en 1880 y alcanzaron los 20 000 en 1900, siendo la gran mayoría de ellos ashkenazíes. A los padres judíos dedicados a actividades intelectuales y comerciales les sucedieron hijos que eran abogados, médicos y periodistas. Además, para estas generaciones más jóvenes, el croata se había convertido rápidamente en su lengua materna.
Tras la Primera Guerra Mundial, el país quedó integrado en el Reino de Serbia. Este cambio, unido al recrudecimiento del antisemitismo alimentado por el nacionalismo local y el extremismo de derecha, dificultó aún más la asimilación. Los sionistas tomaron el control de las principales instituciones de la comunidad, mientras que una parte de la juventud judía se sintió atraída por el movimiento comunista clandestino.
Cuando Alemania invadió Yugoslavia en abril de 1941, instauró en Zagreb un gobierno títere independiente liderado por el presidente nacionalista fascista Ante Pavelic. Poco después, los ustashis, auxiliares del ejército alemán repartidos por todo el territorio yugoslavo, atacaron a la comunidad judía, confiscando propiedades, ejecutando o enviando a los residentes a campos de concentración (sobre todo a Jasenovac), todo ello con el objetivo de llevar a cabo la «solución final». En la primavera de 1943, los campos de concentración de Croacia quedaron vacíos de prisioneros judíos, que pronto fueron exterminados en Auschwitz. La Iglesia católica logró salvar a unos pocos cientos de judíos casados con cristianos; otros huyeron a la zona ocupada por Italia, mientras que unos cientos más se unieron a las filas de la Resistencia. En el momento de la liberación, más del 80 % de los 25 000 judíos que vivían en Croacia en 1941 habían sido asesinados. Mientras tanto, la mitad de los supervivientes emigró rápidamente a Israel. La comunidad judía del país, aunque sigue activa, cuenta hoy con menos de 2000 miembros, la mitad de los cuales vive en Zagreb.
En 2020, el museo Yad Vashem inauguró una exposición en línea en homenaje a las iniciativas individuales de rescate de los judíos croatas.