En 1290, la ciudad contaba con 300 judíos y, en vísperas de la expulsión, con 900, lo que suponía entre el 6 % y el 7 % de la población total. Se dedicaban principalmente a la recaudación de impuestos y a la medicina. En 1492, se refugiaron en Francia, en Bayona, donde los judíos se consideran, aún hoy, descendientes de los de Vitoria.
El recuerdo más sorprendente de la presencia judía es el antiguo cementerio, conocido como Judizmendi («montaña de los judíos»). El 27 de junio de 1492, mediante un acuerdo firmado entre el ayuntamiento y los representantes de la comunidad, la ciudad de Vitoria se comprometió a respetar este cementerio y a mantenerlo en su estado actual.
El acuerdo se respetó hasta 1952, año en que el Ayuntamiento de Vitoria obtuvo de la comunidad judía de Bayona el derecho a convertirlo en un jardín público. Un monolito recuerda esta historia poco común.