A finales del siglo XVI, algunas marranas que huían de la Inquisición se establecieron en Hamburgo. En poco tiempo se integraron en la vida activa de la ciudad, destacando en numerosas profesiones relacionadas con la economía local: construcción portuaria, banca, tejedores, importación de azúcar y tabaco… Pero también en la impresión de libros en hebreo. La comunidad sefardí contaba con tres sinagogas en el siglo XVII.
Poco después del establecimiento del judaísmo sefardí en Hamburgo, a principios del siglo XVII surgió una comunidad ashkenazí. Esta se vio reforzada por la llegada de judíos del Este que huían de las persecuciones. En 1671, las tres congregaciones de Hamburgo, Altona y Wandsbek se unieron.
A principios del siglo XIX, cerca de 6 500 judíos vivían en Hamburgo. La actividad política de Gabriel Riesser permitió a los judíos obtener la ciudadanía en 1850. Se desarrolló una gran actividad cultural, en la que destacaron, entre otros, el historiador del arte Aby Warburg y el filósofo Ernst Cassirer. Entre los siglos XVII y XIX se publicaron cientos de libros en hebreo. En 1844 se construyó en Hamburgo una de las primeras sinagogas liberales, que combinaba los estilos gótico y morisco. Las ruinas de esta sinagoga pueden verse hoy en día.
El cementerio judío de Altona es uno de los más antiguos del norte de Europa, con antiguas tumbas ashkenazíes y sefardíes. También merece la pena visitar el cementerio judío de Ohlsdorf , que cuenta con numerosas tumbas de soldados.
La comunidad judía se convirtió, a principios del siglo XX, en una de las más importantes de Alemania, con cerca de 20 000 judíos. Tras la llegada al poder del régimen nazi, miles de judíos huyeron. Cerca de 9 000 judíos de Hamburgo fueron asesinados durante el Holocausto.
Tras la guerra, surgió una pequeña comunidad formada por cientos de judíos supervivientes. Hasta finales de la década de 1980, el número de judíos en Hamburgo osciló entre 1 000 y 2 000. La llegada de judíos procedentes de Irán y de la antigua URSS reforzó la comunidad. En 2020 se decidió la construcción de la sinagoga de Bornplatz . En 2025 se calcula que habrá cerca de 2.500 judíos en Hamburgo.
La presencia de más de 5000 judíos en Hamburgo en 2025 es prueba del desarrollo de la vida cultural judía en esta ciudad portuaria. Se está llevando a cabo un proyecto para la reconstrucción de la gran sinagoga de Bornplatz, testigo de este renacimiento. Esto, a pesar del aumento de los actos antisemitas y de la voluntad de extremistas de todo tipo de invisibilizar la presencia y la memoria judías en la mayoría de las ciudades europeas, incluida Hamburgo, desde el pogromo del 7 de octubre. La ciudad de Hamburgo, así como otras autoridades locales y gubernamentales alemanas, luchan activamente contra este vertiginoso aumento de los actos antisemitas.