Zagreb es la capital de Croacia. La presencia judía se remonta probablemente al siglo X, procedente de las zonas circundantes, pero también de España y Francia. A finales del siglo XV se menciona la existencia de un lugar de culto. Tras la expulsión de 1526, los judíos no pudieron regresar hasta dos siglos más tarde.
A mediados del siglo XIX vivían en Zagreb unas 50 familias judías procedentes de Bohemia, Moravia y Hungría. En 1867 se inauguró una sinagoga, construida por Franjo Klein. Hosea Jacoby fue el gran rabino de la ciudad durante cincuenta años. En esa época se construyeron una escuela judía, un Talmud Torá y una residencia para ancianos. Entre las personalidades judías de la ciudad se encontraba Jacques Epstein, fundador de la primera organización benéfica croata, la Asociación para el Humanismo. Muchos judíos locales también desempeñaron un papel en el movimiento patriótico croata, entre ellos Joshua Frank. Otras figuras destacadas de la ciudad fueron el médico Mavro Sachs, el pintor Oscar Hermann y el pianista Julius Epstein.
Al comienzo de la Segunda Guerra Mundial vivían en Zagreb 12 000 judíos, algunos de ellos refugiados procedentes de los países vecinos. El Holocausto se cobró numerosas víctimas en Zagreb, entre persecuciones, asesinatos y deportaciones.
La comunidad judía intentó reconstruirse tras la guerra. La población judía de Zagreb era de 1 200 personas en 1970. A principios del siglo XXI, esta cifra se había reducido a unas 1 000 personas. Constituye la mayoría de los judíos croatas.
Construida a principios del siglo XX por el arquitecto Franjo Klein, la Gran Sinagoga de Zagreb quedó totalmente destruida en 1941, junto con las otras treinta sinagogas activas que había en Croacia. Hoy en día, un edificio mucho más modesto, situado en el mismo lugar donde antes se encontraba la sede del Centro Comunitario Judío, sirve como lugar de culto. Además de una colección de objetos religiosos, las oficinas de la comunidad albergan también una de las bibliotecas judías más grandes de la región de los Balcanes, que cuenta con más de 20 000 volúmenes, algunos de los cuales datan del siglo XV.
El Museo Judío de Zagreb se inauguró en 2016 para conmemorar el 210.º aniversario de la comunidad. En él se exponen principalmente objetos rituales utilizados por las familias a lo largo de estos doscientos años de historia, lo que permite a los visitantes redescubrir la vida judía a lo largo de los siglos. En total, cuenta con más de 150 objetos, entre los que se incluyen antiguos rollos de la Torá y libros que datan del siglo XVI.
Construido hace 120 años en la zona norte de la ciudad, el cementerio de Mirogoj rivaliza con los más bellos de Europa. Su amplia sección judía tiene la particularidad de albergar tumbas cristianas y no cristianas una junto a otra. Con el paso del tiempo, muchas tumbas judías se vendieron a cristianos tras expirar sus contratos de arrendamiento, debido a la desaparición de familias enteras durante la guerra, lo que explica esta disposición tan inusual.