Famosa por su yeshivá, Lucena fue conocida como la «ciudad de los judíos» entre los siglos IX y XII. También se la conoce como la «Perla de Sefarad». Bajo el dominio árabe de Al-Andalus, Lucena era la ciudad con mayor población judía de España. Siempre acogió a numerosos eruditos judíos que, sometidos a diversas presiones, emigraron a Toledo o a Navarra, donde más tarde formarían la Escuela de Traductores. Las invasiones almohades y almorávidas provocaron numerosas destrucciones y huidas, además de conversiones forzadas.
El rey Alfonso I el Batallador conquista la ciudad en 1124, con la esperanza de frenar el fanatismo religioso de los almorávides. En 1148, los almohades destruyen la ciudad ante la negativa de los judíos a convertirse al islam. La comunidad huye entonces a Toledo, donde son acogidos con los brazos abiertos. De esta presencia judía solo queda un barrio judío que se extiende desde la Plaza Alta y Baja y las calles Veracruz , Flores de Negrón , Zamora y Ancha . A pesar de los cambios y las remodelaciones urbanísticas, estas calles evocan bastante bien la vida de esta brillante comunidad.
Sin duda, Lucena contaba con varias sinagogas ricamente decoradas, pero no queda rastro alguno de ellas y los historiadores locales siguen debatiendo sobre su ubicación.
Sin embargo, parece que la iglesia de Santiago es una antigua sinagoga que ha sido profundamente reformada. Junto a ella se puede ver el busto moderno de Joseph ibn Migash (1077-1141), rabino, filósofo y director de la yeshivá.
El castillo del Moral , donde se encuentra el Museo Arqueológico, fue construido en el siglo XII, probablemente por judíos. En verano se organiza una visita a la sala Sefarad (con diversos objetos y documentos), acompañada de una degustación de pasteles sefardíes.
En 2013, con motivo de la construcción de una carretera en el Cerro Hacho, se descubrió la ubicación del cementerio judío y 374 tumbas bastante bien conservadas. Se puede visitar.
Famosa en los siglos XI y XII por el prestigio de talmudistas como Isaac ibn Gayat, Isaac Alfasi o José ibn Migas, fundadores de la llamada escuela de Lucena, la ciudad no conserva muchos vestigios materiales de su historia judía. Si bien se conoce aproximadamente la ubicación de la judería, la de las sinagogas sigue siendo imprecisa. Sin embargo, dos costumbres populares siguen muy vivas. La primera consiste en «hacer el sábado», es decir, realizar una limpieza general de la casa el sábado. La segunda, en encalar las fachadas de las casas unos días antes de la Semana Santa, probablemente en recuerdo de los preparativos tradicionales de la limpieza de Pésaj.