Este bonito puerto, situado al noreste de Edimburgo, acogió en 1665 a un grupo de judíos que habían embarcado en un barco que ponía rumbo a Oriente para reunirse allí con la controvertida figura mesiánica Shabbetai Zvi. Esta presencia en la ciudad de Aberdeen queda atestiguada por cartas enviadas desde allí.
La ciudad destacó por su acogida gracias a la Universidad Marischal, que fue una de las primeras de Gran Bretaña en permitir que los estudiantes judíos no fueran meros oyentes, sino que tuvieran acceso a los mismos títulos que el resto de estudiantes matriculados en la universidad. Principalmente en medicina, aunque estos judíos no residían en la ciudad.
La Biblioteca de la Universidad de Marischal (que hoy forma parte de la Universidad de Aberdeen) cuenta, además, con manuscritos de gran valor. Entre ellos, una antigua Biblia de Nápoles de rito sefardí.
A finales del siglo XIX, probablemente en 1893, se creó una pequeña comunidad. Estaba formada principalmente por judíos procedentes de Rusia y Polonia que se reunían para rezar en un piso situado en la calle Marischal.
En 1945, se instaló un centro comunitario en una casa de Dee Street. En la actualidad, este lugar alberga la sinagoga, inaugurada en 1983.
No obstante, la población judía sigue siendo bastante reducida, pasando de 85 personas en 1966 a 40 en 1971 y a 30 en 2001. En 2020, hay un total de 250 judíos que viven en Aberdeen y en los pueblos de los alrededores.