Al igual que la ciudad de Tallin, la comunidad judía de Tartu fue fundada principalmente por soldados rusos retirados que anteriormente habían estado destinados en la ciudad. Así, los antiguos soldados de Nicolás construyeron una sinagoga en 1876 en la ciudad de Tartu.
A principios del siglo XX, había cerca de 1.800 judíos en la ciudad y unas instituciones educativas muy activas. Entre ellas se encuentra la Asociación para el Estudio de la Historia y la Literatura Judías. Entre sus miembros se encuentra Jacob Bernstein Kogan.
Sin embargo, esta cifra disminuyó y en 1934 solo eran 920. Una de las consecuencias de la rusificación de la Universidad de Tartu fue la imposición de una cuota que redujo el número de estudiantes judíos admitidos.
En 1934 se inauguró en la universidad un seminario de estudios judíos, bajo la dirección de L. Gulkowitsch, y posteriormente de M. J. Nadel y H. J. Welcoming Port. Esta intensa vida intelectual se vio interrumpida por la invasión soviética y, posteriormente, por la ocupación alemana. La Shoá se cobró muchas vidas en la ciudad. La sinagoga fue destruida durante la guerra. El Museo Nacional de Estonia conserva ahora los objetos que allí se encontraban.
Tras la guerra, 200 judíos regresaron a la ciudad, a los que más tarde se unieron judíos procedentes de otras partes de la URSS. Sin embargo, muchos de ellos emigraron a Israel en torno a la época de la Guerra de los Seis Días.