En 1341, Roberto, conde de Provenza, ordenó que se realizara un censo gracias al cual sabemos que la población judía de Aix ascendía entonces a 1205 personas, repartidas en 203 familias agrupadas en el barrio judío.
En su libro *Provincia Judaica: Diccionario de geografía histórica de los judíos en la Provenza medieval*, Danièle Iancu-Agou recuerda un texto citado por J. S. Pitton, del arzobispo Pedro IV, que autoriza a los judíos a construir una sinagoga y un cementerio en la ciudad de Tours: « Los judíos que residen en Aix, cualquiera que sea su condición, ricos o pobres, nobles o no, pocos o muchos, a partir de hoy deberán pagar anualmente, el día de Pascua, un censo de dos libras de pimienta de la mejor calidad al señor Pedro y a sus sucesores en el año 1143, y ello en concepto del rollo, el cementerio y la lámpara. » Se cree que esta sinagoga estaba situada en una plaza cercana a la actual calle Celony.
En el siglo XIV, los judíos emigraron a la ciudad condal, donde fundaron una sinagoga cuya existencia, según textos que datan de 1390, se confirma en la esquina de las antiguas calles Vivaut y Verrerie. Lugar importante de la vida judía durante el siglo XV, el edificio y los que lo rodeaban albergaban también una escuela, una carnicería kosher, una casa de la caridad y servicios sociales. El edificio principal acabó vendiéndose en 1501.
En aquella época también existían dos cementerios judíos en Aix. El principal dataría probablemente del siglo X y habría estado situado entre la carretera de Puyricard y la carretera nacional. Los judíos fueron enterrados allí hasta el siglo XV. El museo Granet conserva el molde de una inscripción funeraria cuyo texto reza: «Rabí Salomón, hijo del rabino David […] En lo alto, en el año [500] 2»; el año 5002 corresponde a 1241-2.
Cuando el rey René, duque de Anjou, se retiró a Aix en 1471, permitió una relativa prosperidad a los judíos de la ciudad, al margen de la violencia y las expulsiones regionales, a cambio de una elevada contribución a las finanzas municipales. Tras su muerte en 1480, el rey Carlos VIII promulgó un decreto de expulsión de los judíos de la provincia. Cerca de 400 judíos vivían en Aix antes de la expulsión, la mayoría de los cuales emigraron posteriormente al Comtat Venaissin.
El reasentamiento de los judíos en Aix se produjo principalmente tras la emancipación posrevolucionaria. En 1840 se inauguró una sinagoga en la calle Mazarine. Muchos judíos de Aix fueron deportados durante el Holocausto. Los pocos judíos que quedaban en la ciudad decidieron vender la sinagoga después de la guerra.
Tras la llegada de numerosos judíos procedentes de Argelia a principios de la década de 1960, se construyó una sinagoga en la calle de Jerusalén. La primera piedra fue colocada por el gran músico Darius Milhaud, cuyo abuelo había sido presidente de la comunidad un siglo antes.
Esta sinagoga de Aix se convirtió en el Centro Cultural Darius Milhaud en 1997, cuando se construyó una nueva y más grande sinagoga justo al lado. Hoy en día hay unos 2500 judíos en Aix.
Entre otras figuras destacadas de la ciudad, cabe mencionar a los alcaldes de Aix, Jasuda Bédarride y su hermano Salomón Bédarride, y, por supuesto, a Jules Isaac, gran artífice de la amistad entre judíos y cristianos, quien se refugió allí en 1940.