La historia de los judíos de Eslovaquia, que en el siglo XVI pasó a estar bajo la tutela de los Habsburgo, se solapa con la de sus correligionarios húngaros y de los países checos. Sufrieron las mismas vicisitudes: medidas discriminatorias, expulsiones y, posteriormente, en el siglo XVII, la obtención de algunos derechos civiles. Desde la vecina Moravia, numerosos judíos acuden en masa a Bratislava y a las ciudades cercanas.
Esta región, considerada en aquella época como el norte de Hungría, se denomina «Magyar judía». Justo tras la instauración de la monarquía dual austrohúngara en 1867, el Parlamento húngaro aprobó una ley de emancipación que concedía a los judíos los mismos derechos civiles que al resto de los ciudadanos. Su «magiarización» se acelera, especialmente en las ciudades del oeste. La gran mayoría de los judíos eslovacos, en cambio, viven en el este, en pequeñas comunidades cerradas sobre sí mismas, como los shtetl de Galitzia o Ucrania.
Sin embargo, el antisemitismo es allí más virulento que en los países checos. Allí, los nacionalistas reprochan a los judíos su pertenencia a la cultura alemana. En Eslovaquia, denuncian su asimilación a la cultura húngara. El judaísmo eslovaco se ve, a su vez, atravesado por una lucha entre reformistas y ortodoxos.
Con el nacimiento de Checoslovaquia, tras la Primera Guerra Mundial y el Tratado de Versalles, los judíos obtuvieron también el derecho a ser reconocidos como una nacionalidad específica. La vida cultural judía floreció en el nuevo Estado democrático, donde los judíos desempeñaban un papel económico fundamental, especialmente en Bohemia y Moravia. Más de un tercio de las inversiones industriales les pertenecía. En Eslovaquia, por el contrario, el 65 % de los judíos seguía viviendo en el campo en 1930.
Los acuerdos de Múnich, en 1938, y la capitulación de Londres y París ante las exigencias de Hitler provocarán el desmantelamiento de Checoslovaquia. El territorio checo se ve privado de la región de los Sudetes. Eslovaquia, por su parte, cede a Hungría territorios al este y al sur donde viven 40 000 judíos; se convierte en una región autónoma. Menos de un año después, en marzo de 1939, proclama su independencia, bajo la protección de la Alemania nazi. Nombra presidente al padre Josef Tiso y primer ministro a Andrej Hlinka, líder del Partido Popular Eslovaco, clerical y de extrema derecha, convertido en partido único. Desde los primeros meses se adoptan medidas discriminatorias contra los 135 000 judíos del país; estas se endurecerán aún más en septiembre de 1941, con la promulgación de una legislación antijudía de 270 artículos, que impone, entre otras cosas, el uso de la estrella amarilla e institucionaliza los trabajos forzados.
Las deportaciones a los campos de exterminio, principalmente a Auschwitz, comenzaron poco después. A finales de 1942, más de tres cuartas partes de los judíos de Eslovaquia habían sido exterminados. Las deportaciones y las masacres se reanudaron en abril de 1944, durante la represión del levantamiento de la resistencia eslovaca, en el que participaron numerosos judíos. Al final de la guerra, solo quedaban 5 000 judíos que habían logrado esconderse con documentos falsos. Apenas 20 000 judíos eslovacos sobrevivieron al nazismo.
Bratislava fue un importante centro de la cultura judía y existían comunidades prósperas en ciudades pequeñas como Košice o Prešov, pero la mayoría de los judíos del territorio de la actual Eslovaquia, especialmente en la parte oriental del país, residían en pueblos. Aún hoy quedan vestigios de cerca de 200 sinagogas y 630 cementerios dentro de las fronteras de este nuevo país, nacido el 1 de enero de 1993 tras una separación amistosa de la República Checa. La mayoría están sepultados bajo construcciones modernas o reducidos a ruinas. Son los últimos vestigios de un mundo desaparecido. Antes de la guerra, 135 000 judíos (el 4,5 % de la población) vivían en el territorio de la actual Eslovaquia. Hoy en día, solo quedan 4 000, en su mayoría de edad muy avanzada, de los cuales un millar reside en Bratislava.