La presencia judía en Ratisbona (Regensburg) es muy antigua y se remonta a la Edad Media, probablemente hacia el año 981. Desde el siglo XI existió allí un barrio judío. En el siglo XII, los judíos obtuvieron más libertades, especialmente en la vida laboral. En 1210 se inició la construcción de una sinagoga y se adquirió un terreno para un cementerio judío. La sinagoga se inauguró unos años más tarde y tenía capacidad para cerca de 300 fieles. La ciudad se convirtió rápidamente en un importante centro de la vida judía, gracias a sus yeshivot. También había un mikvé al servicio de la comunidad.
Este desarrollo, junto con la libertad que lo acompañaba y motivaba, entró en declive a partir del siglo XIV. Los judíos tuvieron que soportar impuestos especialmente elevados y se restringió su ámbito de actividad. Debido a las presiones económicas y religiosas, los cerca de 600 judíos acabaron siendo expulsados en 1519. La sinagoga fue arrasada y las lápidas del cementerio judío se utilizaron para obras de construcción.
En el siglo XVII, los judíos comenzaron a regresar a la ciudad en pequeños grupos. Varias personalidades judías contribuyeron al desarrollo intelectual y económico de la región. En 1753, Isaac Alexander fue el primer rabino nombrado oficialmente, y oficiaba en un edificio barroco que servía de sinagoga . En 1822 se adquirió un nuevo cementerio judío y veinte años más tarde se construyó una sinagoga , con una sala en la planta baja para los hombres y un balcón para las mujeres.
En su apogeo, la comunidad judía contaba con 635 miembros en 1880. Sin embargo, el mal estado de los muros obligó a dejar de utilizar esta sinagoga a principios de siglo. Durante unas excavaciones arqueológicas se descubrió un mikvé del siglo XIX, que hoy se encuentra en una residencia privada.
A principios del siglo XX, la población judía comenzó a disminuir, tendencia que, como es lógico, continuó tras la llegada al poder de los nazis en 1933. Así, de los 81 106 habitantes de la ciudad, solo 427 eran judíos. No obstante, la ciudad seguía siendo un centro cultural y religioso. La Judischer Kulturbund contaba con 200 miembros y organizaba numerosos eventos en la ciudad.
Hasta 1937, la comunidad contaba con una sinagoga, una escuela, asociaciones sociales y culturales y una biblioteca, al tiempo que luchaba contra las medidas antijudías que se iban acumulando con el paso del tiempo.
La sinagoga, un edificio moderno con capacidad para 500 fieles e inaugurado en 1912, fue incendiada en 1938, un año en el que huyeron 268 judíos. La Noche de los Cristales Rotos se cobró numerosas víctimas judías, al igual que las deportaciones que le siguieron, en particular la de 1942, en la que 106 judíos fueron enviados a campos de exterminio.
La comunidad vivió un tímido renacimiento tras la guerra con la construcción de un centro cultural en 1969, y su población alcanzó las 140 personas en un censo realizado un año más tarde. Una cifra que aumentó considerablemente, hasta alcanzar las 1000 personas a principios del siglo XXI, gracias en gran parte a la llegada de judíos procedentes de la antigua URSS.
Las excavaciones arqueológicas realizadas en la década de 1990 cerca de la Neupfarrplatz, donde se encontraba el antiguo barrio judío , permitieron descubrir numerosas ruinas de edificios de la Edad Media, algunos de los cuales están relacionados con la historia judía del barrio.
En 2013, varios ciudadanos de Ratisbona, la mayoría de ellos no judíos, se movilizaron para reconstruir la sinagoga en el emplazamiento de la antigua. Gracias a los numerosos esfuerzos de las autoridades locales y regionales y a las contribuciones privadas, este proyecto se hizo realidad en 2019, sustituyendo a los pocos locales que servían de lugar de culto.