La présence juive à Ratisbonne (Regensburg) est très ancienne, datant du Moyen-Age, probablement aux alentours de l’an 981.
Un quartier juif y exista depuis le 11e siècle. Au 12e siècle ils acquièrent plus de libertés, notamment dans la vie active. En 1210 démarra la construction d’une synagogue ainsi que l’obtention par achat d’une terre pour un cimetière juif. La synagogue fut inaugurée quelques années plus tard, pouvant accueillir près de 300 fidèles. La ville devint rapidement un centre important de la vie juive, grâce à ses yeshivot. Il y avait également un mikvé au service de la communauté.
Ce développement et la liberté qui l’accompagne et le motive, déclina à partir du 14e siècle. Les juifs subirent des impôts particulièrement lourds et leur domaine d’activité fut limité. Pressions financières et religieuses, les quelques 600 juifs finirent par être expulsés en 1519. La synagogue fut rasée et les pierres tombales du cimetière juif utilisées pour des travaux immobiliers.
Au 17e siècle, les juifs commencèrent à retourner dans la ville en petit nombre. Des personnalités juives participèrent au développement intellectuel et économique de la région. En 1753, Isaac Alexander fut le premier rabbin nommé officiellement, officiant dans un immeuble baroque servant de synagogue. Un nouveau cimetière juif fut acheté en 1822 et une synagogue construite vingt ans plus tard, avec une salle en bas pour les hommes et un balcon pour les femmes.
A son apogée, la communauté juive fut composée de 635 personnes en 1880. Néanmoins, le mauvais état des murs força la fin de l’utilisation de cette synagogue en au tournant du siècle. Un mikvé du 19e siècle a été retrouvé suite à des fouilles archéologiques et se trouve aujourd’hui dans une résidence privée.
Au début du 20e siècle la population juive déclina, ce qui se poursuivit bien entendu lors de la prise de pouvoir par les nazis en 1933. Ainsi, sur les 81106 habitants de la ville, seuls 427 sont juifs. Néanmoins, la ville culturelle et religieuse s’y maintenait. La Judischer Kulturbund comptait 200 membres et organisa de nombreux événements dans la ville.
Jusqu’en 1937, la communauté fonctionnait avec une synagogue, une école, des associations sociales et culturelles et une bibliothèque, luttant en parallèle contre les mesures anti-juives qui s’accumulaient avec le temps.
La synagogue, une structure moderne accueillant 500 fidèles et inaugurée en 1912, fut brûlée en 1938, une année qui vit la fuite de 268 juifs. La Nuit de Crystal fit de nombreuses victimes juives, ainsi que les déportations qui suivirent, notamment celle de 1942 avec 106 juifs envoyés en camp d’extermination.
La communauté connut une timide renaissance après la guerre avec la construction d’un centre culturel en 1969, sa population atteignant 140 personnes lors d’un recensement un an plus tard. Un chiffre qui augmenta fortement, atteignant 1000 personnes au tournant du 21e siècle, grâce en grande partie à l’arrivée de juifs de l’ex-URSS.
Des fouilles archéologiques effectuées dans les années 1990 près de la Neupfarrplatz, où était situé l’ancien quartier juif, ont permis de découvrir de nombreuses ruines de bâtiments du Moyen Age, dont certains liés à l’histoire juive du quartier.
En 2013, des citoyens de Ratisbonne, la plupart n’étant pas de confession juive, se mobilisent pour reconstruire la synagogue sur le lieu de l’ancienne. Suite à de nombreux efforts des autorités locales et régionales et de contributions privées, ce projet se concrétisa en 2019, remplaçant les quelques petits lieux faisant office.