La presencia judía en Estella se remonta al siglo XI, en la que fue una de las principales comunidades de Navarra. La ciudad se fundó para proteger el Camino de Santiago.
Gracias a los privilegios de que gozaban en comparación con muchas otras ciudades españolas, los judíos se establecieron allí en gran número a partir del siglo XII, habitando en la ciudadela de Estella y sus alrededores, como el barrio de Elgacena . Representaban a 150 ciudadanos y participaban en la vida social e institucional de la ciudad.
Su situación se deterioró a finales del siglo XIII y, más concretamente, a principios del siglo XIV, tras la muerte del rey en 1328. Dado que muchos judíos fueron asesinados durante los disturbios y sus casas saqueadas, la reina Juana II impuso sanciones a los responsables de dichos disturbios.
La comunidad se reconstruyó en la segunda mitad del siglo, con 85 familias judías presentes en Estella en 1366, procedentes principalmente de Francia e Inglaterra. Carlos II nombró incluso en aquella época a Juda ben Samuel Halevi alto comisionado ante la corona. León Horabuena, gran rabino de Estella, fue médico del rey Carlos III. El reino acogió a otros refugiados judíos que huían de las persecuciones de los países vecinos. Sin embargo, tras la Inquisición de 1492, ya no se les perdonó la vida.
El barrio judío, situado hoy en día en la parte más antigua de la ciudad, sigue siendo visible gracias a algunos vestigios, como las murallas que lo protegían. La iglesia Santa María Jus del Castillo se construyó sobre el emplazamiento de la antigua sinagoga. A principios del siglo XXI se llevaron a cabo excavaciones arqueológicas en Estella, con el objetivo, entre otros, de (re)descubrir su patrimonio cultural judío. En 2015, la ciudad celebró Hanukkah por primera vez, en una muestra de reconexión con ese pasado, aunque hoy en día residen allí pocos judíos.
Fuentes: Encyclopaedia Judaica, Redjuderias.org, Times of Israel