En 1815, una comunidad judía del norte de África, cuyos antepasados habían sido expulsados de España, se estableció en las Azores. La isla estaba exenta de impuestos y a la comunidad se le permitió importar y revender productos a los comercios locales. En 1820, la revolución liberal en Portugal condujo a una mayor libertad de culto en el país.
En 2004, un estudio genético concluyó que el 13,4 % de los azorianos son de origen judío, lo que demuestra la importancia y la antigüedad de la comunidad en la isla. De hecho, se distinguen tres períodos de asentamiento judío en las Azores.
La primera data del siglo XV: se cree que una pequeña comunidad llegó con los primeros colonos. La segunda, ya mencionada, del primer cuarto del siglo XIX. La tercera corresponde a la Segunda Guerra Mundial: algunos judíos alemanes y polacos lograron, en efecto, encontrar refugio en la isla. En estos tres periodos, el comercio era la principal actividad de los judíos de las Azores.
La presencia judía quedó documentada oficialmente en 1818. En 1848, se contabilizaron 250 judíos. La mayor parte de la comunidad vivía en Ponta Delgada. Lejos de todos los centros de la vida judía europea, en una sinagoga abandonada durante mucho tiempo, la Fundación para el Patrimonio Azoriano se ha fijado como misión dar a conocer la historia de la comunidad de Sha’ar HaShamaim (las Puertas del Paraíso), que fue establecida en Ponta Delgada en 1821 por una pequeña comunidad judía marroquí. En Santa Clara se encuentra un cementerio judío . La sinagoga ha sido renovada y, durante la restauración, se excavó la geniza. En ella se contabilizan unas cincuenta cajas grandes que se han depositado en el archivo municipal de Ponta Delgada.
Gracias al estudio de los documentos contenidos en la geniza, se perfilan con mayor precisión los contornos de esta comunidad. La documentación comercial y municipal confirma que la comunidad obtenía la mayor parte de sus ingresos del comercio y estaba dominada por unas pocas familias acomodadas. La comunidad tenía también un marcado carácter norteafricano, pero estaba muy orientada hacia Europa. Las cartas mencionan intercambios comerciales de textiles con Liverpool, Lisboa o incluso Hamburgo.
La comunidad sobrevivió durante generaciones, pero, en la década de 1940, debido a la emigración y a las conversiones, ya no lograba reunir un minyan.
En 2009, la comunidad judía de Lisboa cedió en uso por 99 años el edificio que albergaba la sinagoga al municipio de Ponte Delgada, a cambio de la garantía de que se restauraría y mantendría adecuadamente este lugar. En febrero de 2014, en la isla de San Miguel, se inició la restauración de la sinagoga Sha’ar HaShamaim. Construida hacia 1820 y consagrada en 1834, es la sinagoga más antigua de Portugal construida tras la Inquisición. Este lugar de culto, cuyos últimos oficios se remontan a la década de 1950, está situado en la primera planta de un edificio que también albergaba la casa del rabino. El edificio es estrecho, y sus paredes y mobiliario —entre los que se encuentran el Arca y la bimá— son de madera. La sinagoga restaurada alberga un museo y una biblioteca.
Cabe señalar que hay cementerios judíos en las islas de Terceira y Faial .