En la década de 1750 se estableció en la ciudad una comunidad judía, entre cuyos miembros había numerosos artesanos. La población judía creció rápidamente en el siglo XIX, pasando de 1 559 habitantes en 1815 a 2 918 en 1847. La construcción del ferrocarril y el desarrollo de las industrias maderera y cerealista aceleraron el crecimiento de la ciudad.
En 1898, había cerca de 5 000 artesanos judíos en la ciudad. Las profesiones se diversificaron. Había muchos judíos en la industria ferroviaria, la agricultura y el trabajo con materiales como el cuero y los tejidos. Se desarrollaron los movimientos obreros del Bund y el Poalei Zion, así como movimientos de autodefensa frente a los pogromos.
En aquella época, los 32 400 judíos representaban casi la mitad de la población de la ciudad. De sus yeshivot surgieron rabinos eminentes, como el mitnagged Meir Simhah Hakohen y el jasid Joseph Rozin.
La Primera Guerra Mundial provocó la destrucción de parte de la ciudad y la huida de muchos habitantes. En los años veinte, solo quedaban 11 000 judíos. Los movimientos sionistas tuvieron cierto éxito allí, al igual que las seis escuelas judías, que acogieron a numerosos alumnos.
La ocupación soviética de 1940-1941 provocó el cierre de los movimientos, organizaciones e instituciones judías. La enseñanza en las escuelas judías solo se autorizó si se basaba en el plan de estudios ruso.
Cuando los nazis ocuparon la ciudad en 1941, se organizó un pogromo. Las sinagogas fueron incendiadas o requisadas. 1 150 judíos fueron asesinados en una semana y los 15 000 judíos restantes fueron recluidos en guetos. Durante la guerra se produjeron allí muchas otras masacres. Así, en Daugavpils, 9 000 judíos fueron asesinados durante el Holocausto.
En 1970, se había reconstituido allí una comunidad de 2 000 judíos, que contaba con una sinagoga en funcionamiento. A raíz de la emigración, hoy en día solo quedan unos pocos cientos de judíos en Daugavpils.
La sinagoga que aún se conserva fue construida en 1850. Se encuentra en una zona céntrica de la ciudad. En la segunda planta alberga el museo judío de la ciudad. Para visitarla es necesario solicitarlo con antelación.
El gran pintor Mark Rothko, al que la Fundación Vuitton dedicó una exposición a finales de 2023, nació en Daugavpils en 1903. En 2013 se inauguró en la ciudad un museo en su honor, en presencia de su hija Kate. El Museo Mark Rothko alberga obras del artista estadounidense nacido en el país. Se trata de la única institución pública de Europa del Este que expone sus obras. El lugar también sirve como espacio para encuentros culturales y educativos. Kate Rothko Prizel visitó el museo que lleva su nombre en 2025 para celebrar los 122 años del artista nacido en Letonia. En esa ocasión, legó al museo dos dibujos de su padre, procedentes de la colección privada de la familia.