La ciudad de Joniskis es bastante antigua, ya que sus orígenes se remontan al siglo XVI. La presencia judía en Joniskis data del siglo XVIII. Vivían principalmente en los alrededores de las sinagogas principales.
Antes del Holocausto, la población judía de la ciudad representaba casi la mitad de los habitantes. La gran mayoría fue masacrada, al igual que en el resto del país. Hoy en día ya no quedan judíos en Joniskis, pero la pequeña comunidad de Siauliai participó en la reinauguración de sus sinagogas.
En el centro de la ciudad hay dos sinagogas del siglo XIX situadas una al lado de la otra, que reciben su nombre por su color. La sinagoga blanca se construyó en 1823. También sirvió como escuela judía. La sinagoga roja se construyó en 1865. Durante la época soviética, se transformó en un edificio residencial y en un centro juvenil.
El complejo formado por las dos sinagogas pasó a estar bajo la tutela del Ministerio de Cultura de Lituania en 1970. Se llevó a cabo una restauración tras la independencia del país a finales de la década de 1990. Tras sufrir graves daños en 2004 y 2007 a causa de las tormentas, los muros destruidos se reconstruyeron gracias a la ayuda de las instituciones europeas y de Noruega, en colaboración con las autoridades locales.
Desde 2014, la sinagoga roja funciona como centro cultural. La sinagoga blanca también recibió ayudas europeas para su restauración en 2017.
Fuentes: JTA