La presencia judía en Wurzburgo se remonta al menos al siglo XI. Tras sufrir las consecuencias de las cruzadas del siglo XII, la población judía aumentó en el siglo siguiente, sobre todo gracias a la llegada de judíos procedentes de ciudades vecinas como Augsburgo, Núremberg y Rothenburg. En aquella época, la comunidad contaba con una sinagoga y una escuela.
En aquella época, el desarrollo de la comunidad iba de la mano de la fama de sus yeshivot y de los eminentes rabinos que de ellas surgieron. Sin embargo, en 1298 fue destruida durante las masacres de Rintfleisch, que se saldaron con la muerte de 900 judíos en la ciudad.
En el siglo XIV, los judíos se reasentaron en Wurzburgo, protegidos durante un tiempo por el obispo frente a las acusaciones de crímenes rituales y la ira de la multitud. Pero en 1349, las persecuciones provocaron la muerte de muchos de ellos, y los supervivientes huyeron a otras ciudades alemanas.
El siglo XV fue más tranquilo, lo que permitió que la comunidad se recuperara. En 1446 se construyó una sinagoga. Las persecuciones se reanudaron en el siglo siguiente y no fue hasta el siglo XIX cuando la vida judía volvió a cobrar vida allí.
En 1841 se inauguró una sinagoga, dirigida durante cuarenta años por el rabino Seligman Baer Bamberger. Conocido por su yeshivá, lo fue igualmente por su escuela de formación de docentes, que formó a cientos de profesores de estudios judíos. El crecimiento de la comunidad en esa época hizo que el número de judíos alcanzara los 2600 en 1925.
Tras el auge del nazismo, muchos judíos huyeron y la sinagoga fue destruida durante la Noche de los Cristales Rotos. La mayoría de los judíos fueron asesinados durante el Holocausto. Muy pocos judíos regresaron después. En 1970 se inauguró otra. Durante unas obras de construcción realizadas a mediados de la década de 1980, se descubrieron 1508 lápidas y tumbas judías que databan de la Edad Media.
La comunidad se vio reforzada con la llegada de judíos procedentes de Rusia. En 2006, abrió sus puertas el centro comunitario Shalom Europa . En él se exponen, entre otras cosas, algunas tumbas judías de la Edad Media halladas en la década de 1980. También se presenta la historia de la vida judía en Wurzburgo a lo largo de 900 años y su diversidad.
También se puede visitar un antiguo cementerio judío . En 2020 se instaló en la estación central, desde donde fueron deportados los judíos, un monumento conmemorativo del Holocausto . Fue creado por el artista Matthias Braun. En él se pueden ver, entre otras cosas, numerosas maletas, que simbolizan esas partidas.
El 5 de junio de 2025, las mapot de la Torá —destinadas a proteger el pergamino—, que fueron donadas a las sinagogas de Würzburg y Kitzingen en la década de 1920 y que probablemente se dispersaron tras los pogromos del 9 y 10 de noviembre de 1938, fueron devueltas gracias al Museo de Arte e Historia del Judaísmo, que las conservó durante muchos años.