La présence juive à Wurtzbourg date au moins du 11e siècle.
Victimes de répercutions suite aux Croisades du 12e siècle, la population juive augmenta le siècle suivant, notamment grâce à l’arrivée de juifs des villes environnantes telles Augsbourg, Nuremberg et Rothenbourg. La communauté dispose à cette époque d’une synagogue et une école.
A cette époque, le développement de la communauté va de pair avec la renommée de ses yeshivot et les éminents rabbins qui en sont issus. Néanmoins, en 1298, elle fut détruite lors des massacres de Rintfleisch, causant la mort de 900 juifs dans la ville.
Au 14e siècle, les juifs se réinstallèrent à Wurtzbourg, protégé un temps des accusations de crimes rituels et de la colère de la foule par l’évêque. Mais en 1349, les persécutions causèrent la mort d’un grand nombre d’entre eux, les survivants fuyant dans d’autres villes allemandes.
Le 15e siècle fut plus paisible, la communauté pouvant s’y reconstituer. Une synagogue fut construite en 1446. Les persécutions reprirent le siècle suivant et ce n’est qu’au 19e siècle que la vie juive s’y matérialisa à nouveau.
Une synagogue fut inaugurée en 1841, dirigée par le rabbin Seligman Baer Bamberger pendant quarante ans. Connu pour sa yeshiva, il le fut tout autant pour son école de formation des enseignants, laquelle assura le suivi de centaines de professeurs d’études juives. Le développement de la communauté à cette époque permit au nombre de personnes juives d’atteindre les 2600 en 1925.
Suite à la montée du nazisme, de nombreux juifs s’enfuirent et la synagogue fut détruite pendant la Nuit de Crystal. La majorité des juifs furent assassinés pendant la Shoah. Très peu de juifs retournèrent après. Une autre fut inaugurée en 1970. Lors de travaux immobiliers effectués au milieu des années 1980, 1508 stèles et tombes juives furent découvertes, datant du Moyen Age.
La communauté fut renforcée par la venue de juifs de Russie. En 2006, le centre communautaire Shalom Europa ouvrit ses portes. Il expose notamment certaines tombes juives du Moyen Age trouvées dans les années 1980. Il présente également l’histoire la vie juive de Wurtzbourg depuis 900 ans et sa diversité.
Un ancien cimetière juif peut également être visité. En 2020 a été installé à la gare centrale d’où étaient déportés les juifs un mémorial de la Shoah. Il a été créé par l’artiste Matthias Braun. On y voit notamment de nombreuses valises, symbolisant ces départs.