La presencia judía en Salzburgo se remonta probablemente a la época romana, cuando la ciudad se llamaba Luvavum. La primera mención escrita data de un periodo anterior, cuando la ciudad fue refundada con su nombre actual y un médico judío atendió al obispo Arno de Salzburgo (785-871).

En el siglo XII, cerca de la catedral se encontraba la Judengasse, o «callejón de los judíos». La sinagoga se encontraba en el número 15 de este callejón desde el siglo XIV. En el siglo siguiente, los judíos fueron atacados y expulsados de la ciudad.
No fue hasta finales del siglo XIX cuando la comunidad judía pudo restablecerse. En 1893 se construyó una sinagoga en el número 8 de la Lasserstrasse y, un año más tarde, se construyó un cementerio judío . Theodore Herzl, que residió en Salzburgo como abogado, describió el ambiente de la época como una mezcla entre una cierta dulzura de vivir y una clara presencia de antisemitismo. Esta visión, que oscilaba entre el entusiasmo y el temor, quedó plasmada en una placa conmemorativa en Salzburgo cien años después.
Sin embargo, a pesar de ciertos temores, los judíos pudieron contribuir a la influencia cultural y artística de la ciudad. Max Reinhardt y Hugo von Hoffmannsthal, por ejemplo, desempeñaron un papel muy activo en la creación del Festival de Salzburgo. En la década de 1930, el escritor Stefan Zweig acogió a la intelectualidad europea.

Tras el Anschluss de 1938 por parte de la Alemania nazi, la sinagoga fue destruida y la población judía fue víctima de numerosos actos de violencia. 70 000 judíos austriacos fueron asesinados durante el Holocausto, principalmente en Viena, donde se encontraba la comunidad más numerosa. En Salzburgo se han colocado alrededor de 400 «stolpersteine», o piedras conmemorativas, en memoria de las víctimas judías y no judías de la Shoá.
Hoy en día, viven en Salzburgo unos 100 judíos. La sinagoga ha sido reconstruida y los fieles la utilizan principalmente los sábados y en las fiestas más importantes.
Fuentes: Encyclopaedia Judaica, Times of Israel