La ciudad de Kedainiai data del siglo XIV, siendo una de las más antiguas del país. Bajo el dominio de la familia Kishkis, que gobernó la ciudad a partir de 1490, se invitó a comerciantes judíos a establecerse allí. Al convertirse en un centro calvinista a mediados del siglo XVI, los judíos disfrutaron de derechos civiles y libertad de culto. Estos trabajaban en numerosos sectores, lo que reflejaba su buena integración: importación y exportación, comercio, artesanía, agricultura…

En 1766, se censaron 500 familias judías en Kedainiai, que por entonces se convirtió en un importante centro de estudios. Sin embargo, cuando la región pasó a estar bajo administración rusa, los judíos perdieron muchos de sus derechos. A partir de mediados del siglo XIX, la población judía disminuyó, pasando de cerca de 5000 personas en 1847 a 3733 en 1897, principalmente como consecuencia de las oleadas migratorias de finales de ese siglo.
Expulsados por las autoridades rusas hacia el interior del país durante la Primera Guerra Mundial, los judíos se reasentaron allí posteriormente. En aquella época trabajaban principalmente en el sector agrícola y, en 1923, sumaban 2500 habitantes.
En 1939, Kedainiai acogió a refugiados de Polonia que huían del nazismo. La mayoría de los judíos que se encontraban en la ciudad durante el Holocausto fueron masacrados por los nazis con la ayuda de milicias locales.
Hoy en día quedan dos sinagogas en Kedainiai, situadas una frente a la otra. Tras la guerra se utilizaron como almacenes y fueron restauradas a principios del siglo XXI, formando hoy en día un complejo cultural. La más pequeña de las dos, la sinagoga de invierno, fue construida en 1837.

En la antigua sección de mujeres se presenta una exposición permanente que recorre la historia judía de la ciudad, muestra los antiguos lugares de la comunidad y conmemora a las víctimas del Holocausto. La sinagoga de verano es más antigua, ya que data de 1784. Un antiguo cementerio judío y un cementerio judío más reciente se encuentran cerca de la ciudad. Se ha erigido un monumento en el bosque, en la carretera de Dotnuva, donde fueron masacrados numerosos judíos durante el Holocausto.
Fuentes: Encyclopaedia Judaica