Dado que Ziezmariai se encuentra en el cruce de la carretera entre Vilna y Kaunas, fue a menudo atravesada y atacada por las tropas durante los conflictos regionales.
La presencia judía en la ciudad de Ziesmariai se remonta probablemente al siglo XVI. La vida judía se fue organizando poco a poco con la apertura de escuelas judías y de lugares dedicados a actividades sociales y culturales, como el deporte y el teatro.
A mediados del siglo XIX se construyó una sinagoga de madera. Aunque sufrió graves daños a causa de varios incendios, fue reconstruida en cada ocasión. Después de la guerra, la Unión Soviética utilizó la sinagoga como almacén. Tras la independencia de Lituania, en 2017 se emprendió un proyecto de restauración. Se está estudiando la posibilidad de crear un museo sobre la historia judía local.