Ziezmariai se situant au carrefour de la route entre Vilnius et Kaunas, elle fut souvent traversée et attaqué par des troupes lors de conflits régionaux.

La présence juive dans la ville de Ziesmariai date probablement du 16e siècle. Une vie juive s’organisa graduellement avec l’ouverture d’écoles juives et de lieu d’activités sociales et culturelles, dans le domaine du sport et du théâtre.

Une synagogue en bois fut construite au milieu du 19e siècle. Fortement endommagée par des feux, elle fut à chaque fois reconstruite. Après-guerre, l’Union soviétique utilisa la synagogue comme lieu d’entreposage, Suite à l’indépendance de la Lituanie, un projet de restauration fut entrepris en 2017. Un projet de musée sur l’histoire juive locale est à l’étude.