¡Parece ser que la presencia judía en la isla de Malta se remonta a más de 3000 años! Unos marineros descendientes de las tribus de Zevulún y Aser acompañaban a los marineros fenicios. Una antigua unión entre judíos y fenicios que prosperó y se fortaleció a lo largo de los siglos.
Se han encontrado vestigios de esta conexión, sobre todo en la isla de Gozo, al noroeste de Malta, donde desembarcaron los marineros en aquella época. También hay vestigios similares en las catacumbas judías de las épocas griega y romana. En algunas de las catacumbas que aún se conservan hoy en día se pueden ver símbolos judíos, en particular menorot. Las más famosas son las catacumbas de San Pablo en Rabat.
Tras las conquistas árabes y normandas, los judíos de la isla siguieron integrados en Malta y participaban en la sociedad civil. En 1240, 25 familias judías vivían en la isla principal de Malta y 8 en Gozo.
Durante la Edad Media existían comunidades judías en Mdina, Birgu, La Valeta y Zejtun. Así, en Mdina se encuentra un «mercado judío de la seda», en Birgu una calle Judía y en Zejtun una plaza de la Judería. También hay «Puertas de los Judíos» en varias ciudades, únicos lugares por donde los judíos tenían derecho a entrar en la ciudad.
Entre las figuras de la época se encontraba el autor místico Abraham Abulafia, que residió en Comino entre 1285 y su muerte, acaecida unos años más tarde. Allí escribió su «Sefer ha Ot» y el «Imrei Shefer».
Los judíos procedían principalmente de Cerdeña, Sicilia, España y el norte de África. Y sus condiciones de vida eran relativamente menos duras que en la mayoría de las regiones mediterráneas de la época. En ocasiones ocupaban cargos de prestigio, como el de médico jefe, cargo que ocuparon, entre otros, dos miembros de la familia Safaradi: Bracone y Abraham.
La población judía creció durante el dominio español. A principios del siglo XV, el obispo de Malta y las autoridades civiles eliminaron las discriminaciones de las que eran víctimas los judíos. Xilorun, un judío de Gozo, llegó incluso a ser nombrado embajador de Malta en Sicilia. Sin embargo, la Inquisición de 1492 provocó la confiscación de sus bienes y su expulsión. Algunos huyeron y otros se convirtieron. De hecho, aún hoy en día hay muchos malteses con apellidos de origen judío.
Durante el reinado de los Caballeros de la Orden de San Juan, que se prolongó hasta la derrota frente a Francia en 1798, la población estuvo sometida a una política marcial. Sin distinción alguna, todo tipo de poblaciones se veían víctimas de incursiones militares por mar y tierra, expuestas a ser capturadas y reducidas a la esclavitud. Este fue, en particular, el caso de los judíos, obligados además a llevar signos distintivos. Numerosos relatos evocan los saqueos, asesinatos y ventas de esclavos durante esos siglos.
De camino a Egipto, Napoleón conquistó Malta en 1798 y, por lo tanto, aplicó allí el derecho francés, lo que supuso, entre otras cosas, la abolición de la esclavitud y la igualdad entre todos los ciudadanos. Esta libertad conquistada fue mantenida por los conquistadores británicos poco tiempo después. En 1846, la comunidad contó con su primer rabino oficial desde la época de la Inquisición: Josef Tajar.
Durante la Segunda Guerra Mundial, los judíos que huían del nazismo no necesitaban visado para llegar a Malta, lo que permitió que miles de ellos se refugiaran allí. Muchos judíos malteses se alistaron en el ejército británico en aquella época.
El país obtuvo su independencia en 1964. A raíz de unos proyectos de renovación del barrio, la antigua sinagoga de Malta fue demolida en 1979. En 2013, también se estableció en la isla una Casa Jabad .
La pequeña y muy antigua comunidad judía maltesa está compuesta por 200 personas en 2025. La mayoría de los judíos malteses viven en La Valeta.
Hay tres cementerios judíos en Malta. El cementerio de Kalkara , el más antiguo, data del siglo XVIII. En las afueras de Marsa se encuentra el segundo, que data de mediados del siglo XX. El tercero se encuentra en Tal Braxia y está abandonado.