Il semblerait que la présence juive sur l’île de Malte date de plus de 3000 ans ! Des marins descendants des tribus de Zevouloun et Asher accompagnaient des marins phéniciens. Une union ancienne entre juifs et phéniciens, qui prospéra et se renforça au fil des siècles.
Des traces de lien se trouvent notamment sur l’île de Gozo au nord-ouest de Malte où débarquèrent les marins à l’époque. Des traces similaires sont également présentes dans les catacombes juives des époques grecques et romaines. Certaines des catacombes présentes encore aujourd’hui permettent de voir des symboles juifs, notamment des menoroth. Les plus célèbres étant les catacombes de St Paul à Rabat.
Suite aux conquêtes arabes et normandes, les juifs de l’île restèrent intégrés à Malte et participaient à la société civile. En 1240, 25 familles juives habitèrent sur l’île principale de Malte et 8 à Gozo.
Il y avait durant le Moyen Age des communautés juives à Mdina, Birgu, La Valette et Zejtun. Ainsi, on retrouve à Mdina un « Marché de soie juif », à Birgu une rue Juive et à Zejtun une place de la Judéité. Il y a également des « Portes des Juifs » dans plusieurs villes, seuls lieux où les juifs avaient le droit d’entrer dans la ville.
Parmi les personnages de l’époque, il y avait l’auteur mystique Avraham Abulafia qui résida à Comino entre 1285 et sa mort quelques années plus tard. Il y écrivit son « Sefer ha Ot » et le « Imrei Shefer ».
Les juifs venaient principalement de Sardaigne, Sicile, Espagne et d’Afrique du Nord. Et leur conditions de vie étaient relativement moins difficiles que dans la plupart des régions méditerranéennes de l’époque. Occupant parfois des postes de prestige comme celui de Médecin en chef. Poste occupé notamment par deux membres de la famille Safaradi, Bracone et Abraham.
La population juive augmenta sous le règne espagnol. Au début du 15e siècle, l’Evêque de Malte ainsi que des autorités civiles ôtèrent des discriminations dont les juifs étaient victimes. Xilorun, un juif de Gozo fut même nommé Ambassadeur de Malte en Sicile. Néanmoins l’Inquisition de 1492 mena à la confiscation de leurs biens et à leur expulsion. Certains fuirent et d’autres se convertirent. On retrouve d’ailleurs encore aujourd’hui de nombreux maltais ayant des noms de famille d’origine juive.
Pendant le règne des Chevaliers de l’Ordre de St. Jean qui dura jusqu’à la défaite face à la France en 1798, la population fut assujettie à la politique martiale. Sans distinction, toutes sortes de populations se retrouvaient victimes de raids militaires sur mer et terre, susceptibles d’être capturés et réduits à l’esclavage. Ce fut donc notamment le cas des juifs, obligés également de porter des signes distinctifs. De nombreux récits évoquent les pillages, meurtres et ventes d’esclaves pendant ces siècles.
Sur la route de l’Egypte, Napoléon conquit Malte en 1798 et y appliqua donc le droit français, à savoir entre autres l’abolition de l’esclavage et l’égalité entre tous les citoyens. Cette liberté acquise fut maintenue par les conquérants britanniques peu de temps après. En 1846, la communauté avait son premier rabbin officiel depuis le temps de l’Inquisition : Josef Tajar.
Durant la Seconde Guerre mondiale, les juifs fuyant le nazisme ne devaient pas avoir de visa pour arriver à Malte, ce qui permit à des milliers d’entre eux de s’y réfugier. De nombreux juifs maltais s’engagèrent dans l’Armée britannique à l’époque.
Le pays obtint son indépendance en 1964. Suite à des projets de rénovation de quartier, l’ancienne synagogue de Malte fut détruite en 1979. En 2013, une Maison Chabad s’établit également sur l’île.
En 2012, il y avait selon l’estimation du démographe Sergio DellaPergola entre 100 et 300 juifs à Malte. La plupart des juifs maltais habitant à La Valette.
Il y a trois cimetières juifs à Malte. Le cimetière de Kalkara, le plus ancien, date du 18e siècle. Dans la banlieue de Marsa se trouve le deuxième, qui date de la moitié du 20e siècle. Le troisième se situe à Tal Braxia et est abandonné.