Hasta finales del siglo XVIII, estos dos pueblos eran los únicos que permitían el establecimiento permanente de judíos. Ya en 1622, residían en calidad de «extranjeros protegidos», y sus comunidades gestionaban con total independencia el culto y la administración interna. Un documento de ese año da fe de su presencia.
En 1750, ambas comunidades compraron un terreno a medio camino para el cementerio . Antes de eso, los judíos se veían obligados a enterrar a sus difuntos al otro lado del Rin, en una isla que posteriormente fue adquirida por la ciudad de Waldshut. El cementerio judío cuenta con 2700 tumbas.
Las primeras sinagogas datan de 1750 en Lengnau y de 1764 en Endingen . Fueron reconstruidas en 1848 y 1852, respectivamente. Aparecen en un libro de Johann Caspar Ulrich publicado en 1768.
Estas sinagogas se asemejan a iglesias, con un reloj en el frontón y un campanario, elementos exigidos por las autoridades. En 1850 había, en estas dos ciudades, 1515 judíos. Estos judíos procedían principalmente de las ciudades de la Alta Alsacia (Buschwiller, Hegenheim, Hagenthal…), la región de Baden (Randegg, Wangen, Gailingen, Worblingen…) y Hohenems. Ciudades cercanas a Suiza, con la que la población en general mantenía vínculos económicos y culturales.
Las autorizaciones concedidas para emigrar a otros municipios provocaron una disminución constante de esa cifra. La ola de emancipación de los judíos suizos se produjo a lo largo del siglo XIX, dependiendo de cada municipio.
En Endingen, un pueblo sin iglesia, era la sinagoga de la plaza central la que daba las horas. La sinagoga fue renovada posteriormente, en 1998.
Esta política tolerante no debe ocultar la discriminación que aún existía hacia 1910: las casas tenían dos puertas de entrada, una reservada a los cristianos y otra a los judíos.
En esta zona se conservan numerosas casas que dan testimonio de aquella época. A diferencia de la mayoría de los guetos judíos de Europa, los vestigios de la vida judía siguen estando muy presentes en estos pueblos. Entre las personalidades originarias de estos pueblos se encuentra William Wyler, el director de «Ben Hur» y «Funny Girl».
Desde 2009, las autoridades locales organizan un recorrido cultural judío para rendir homenaje al patrimonio histórico de los pueblos. Los visitantes pueden pasear por sinagogas, cementerios, casas con doble entrada, así como antiguos mikve y comercios.
En 2018, solo quedaban unos veinte judíos en Lengnau y Endingen. La mayoría eran personas mayores que vivían en una residencia de ancianos.