Jusqu’à la fin du XVIIIe siècle, ces deux villages étaient les seuls à autoriser l’établissement permanent de juifs.
Dès 1622, ils résidaient en qualité d’« étrangers protégés», et leurs communautés géraient en toute indépendance le culte et l’administration interne. Un document de cette année atteste de leur présence.
En 1750, les deux communautés achetèrent un terrain à mi-chemin pour le cimetière. Avant cela, les juifs étaient obligés d’enterrer leurs morts au-delà du Rhin, sur une île achetée par la suite par la ville de Waldshut. Le cimetière juif compte 2700 tombes.
Les premières synagogues datent de 1750 pour Lengnau et 1764 pour Endingen. Elles ont été refaites respectivement en 1848 et 1852. Elles figurent dans un livre de Johann Caspar Ulrich paru en 1768.
Ces synagogues ressemblent à des églises, avec une horloge sur le fronton et un clocher, éléments exigés par les autorités. Il y avait en 1850, dans ces deux villes, 1515 juifs présents. Ces juifs étaient principalement issus des villes de Haute-Alsace (Buschwiller, Hegenheim, Hagenthal…), la région de Bade (Randegg, Wangen, Gailingen, Worblingen…) et Hohenems. Des villes proches de la Suisse, avec laquelle les populations générales entretenaient des liens économiques et culturels.
Les autorisations de migrer dans les autres communes accordées provoquèrent une chute constante de ce nombre. La vague d’émancipation des juifs helvétiques se réalisa entre le long du 19e siècle selon les communes.
À Endingen, village sans église, c’est la synagogue sur la place centrale qui sonnait les heures. La synagogue a été ensuite rénovée en 1998.
Cette politique tolérante ne doit pas occulter la discrimination encore en vigueur vers 1910 : les maisons avaient deux portes d’entrée, l’une réservée aux chrétiens, l’autre aux juifs.
On retrouve de nombreuses maisons témoins de cette époque. Contrairement à la plupart des ghettos juifs d’Europe, les traces de la vie juive sont encore très présentes dans ces villages. Parmi les personnalités issues de ces villages, William Wyler, le réalisateur de Ben Hur et Funny Girl.
Depuis 2009, un tour culturel juif est présenté par les autorités locales afin de rendre hommage au patrimoine historique des villages. Les visiteurs peuvent se promener entre les synagogues, cimetières, maisons à double entrée ainsi que les anciens mikve et commerces.
En 2018, il ne restait plus qu’une vingtaine de juifs à Lengnau et Endingen. La plupart étant des personnes âgées vivant dans une maison de retraite.