La constitución oficial de una comunidad judía en Clermont se remonta a 1808, cuando Israël Waël, que entonces la dirigía, donó un jardín para establecer en él un cementerio judío.
David Marx, el Gran Rabino de Burdeos, inauguró la sinagoga de Clermont-Ferrand el 20 de marzo de 1862. La sinagoga de la calle des Quatre-Passeports fue construida en una casa privada por el arquitecto local François-Louis Jarrier. Esto fue posible gracias a la donación de Vidal Léon, yerno de Israël Waël y nuevo dirigente de la comunidad.
Durante la Segunda Guerra Mundial, el Seminario Israelita se instaló allí provisionalmente tras la ocupación de París. Durante la ocupación de Clermont-Ferrand, muchos judíos fueron detenidos. La sinagoga siguió en funcionamiento hasta 1943.
Clermont-Ferrand fue la ciudad elegida por el director francés Marcel Ophüls para rodar «Le Chagrin et la pitié». Un conmovedor documental sobre la Ocupación, que permite sacar a la luz numerosos aspectos de la guerra que antes se pasaban por alto, en particular los actos de valentía, pero también la colaboración en la «vida cotidiana». Censurada en el momento de su estreno, se emitió en televisión diez años después, en 1981.
Tras la guerra, la sinagoga fue vendida y, mucho más tarde, la volvió a adquirir el mecenas Edmond Safra para que sirviera de espacio cultural y educativo dedicado a la historia de los judíos y a la memoria de los Justos de Auvernia.
Así, tras una importante restauración, el Centro Cultural Jules Isaac acoge desde 2013 una exposición permanente, conferencias y encuentros con el fin de dar a conocer el patrimonio cultural judío de la ciudad y la historia de los Justos que los salvaron durante la guerra. En 2024, el Centro Diocesano de Pastoral acogió una exposición dedicada a la historia y la memoria de los Justos.