La formation officielle d’une communauté clermontoise remonte à 1808 lorsqu’Israël Waël qui la dirige alors, fait le don d’un jardin afin d’y établir un cimetière juif.
David Marx, le Grand rabbin de Bordeaux, inaugure la synagogue de Clermont-Ferrand le 20 mars 1862. La synagogue de la rue des Quatre-Passeports est construite dans une maison privée par l’architecte local François-Louis Jarrier. Cela, grâce au don du gendre d’Israël Waël et nouveau dirigeant de la communauté, Vidal Léon.
Durant la Seconde Guerre mondiale, le Séminaire Israélite s’y installent provisoirement après l’occupation de Paris. Lors de l’occupation de Clermont-Ferrand, de nombreux juifs sont raflés. La synagogue restera en activité jusqu’en 1943.
Au lendemain de la guerre, la synagogue est vendue puis rachetée bien plus tard par le mécène Edmond Safra afin qu’elle serve d’ espace culturel et pédagogique consacré à l’histoire des juifs et à la mémoire des Justes en Auvergne.
Ainsi, suite à de grands travaux de restauration, le Centre culturel Jules Isaac y accueille depuis 2013 une exposition permanente, des conférences et rencontres afin de partager le patrimoine culturel juif de la ville et l’histoire des Justes qui les sauvèrent pendant la guerre.