Parece que su presencia en Seine-et-Marne se remonta a la Edad Media. Entre las ciudades en las que se establecieron se encuentran Meaux, Lagny, Provins, Melun, Livry-sur-Seine, Bray-sur-Seine, Foljuif, Nemours, Château-Landon, Brie-Comte-Robert, Montoix, Pontault-Combault, Nangis, Lizy-sur-Ourcq, Coulommiers, Montereau-Fault-Yonne, Donnemarie-en-Montois y Herbeauvilliers.
Tras la expulsión de 1394 y el regreso gradual de los judíos a Francia, la presencia judía en Fontainebleau se remonta probablemente a las estancias del rey en el castillo, siendo más profesional o intelectual que residencial. Francisco I probablemente llevó a su médico judío a Fontainebleau y tuvo un médico judío originario de Constantinopla en 1538. Elie de Montaldo, médico personal de María de Médicis y del futuro Luis XIII, obtuvo autorización para practicar su fe.
La Biblioteca Real de Fontainebleau poseía manuscritos hebreos antes de su integración en la Biblioteca Nacional. La reina Cristina de Suecia, que se alojaba en el castillo en 1657, recibió de manos del erudito cristiano Gilbert Gaulmin un centenar de manuscritos hebreos. El abad Antoine Guénée, fallecido en Fontainebleau en 1803, fue el autor de «Cartas de algunos judíos portugueses, alemanes y polacos al Sr. de Voltaire» y mantuvo un intenso intercambio con este último sobre el antisemitismo del filósofo. Actualmente se encuentra una estela erigida en su homenaje en el hospital de Fontainebleau.
En 1784, unos judíos se instalaron en Fontainebleau. En el censo de 1808, la comunidad contaba con 121 judíos, la mayoría de ellos niños. La mayoría tenía apellidos de origen alsaciano. A finales de siglo, la ciudad contaba con una sinagoga situada en la calle des Trois Maillets y, más tarde, con otra en el callejón des Maudinés. En 1857, la comunidad inauguró un nuevo templo, diseñado por el arquitecto Nathan Salomon.
Durante la ocupación, la sinagoga fue destrozada y posteriormente incendiada. Tras la guerra, la comunidad se reconstruyó gracias al regreso de los judíos de Fontainebleau que habían estado exiliados y a la llegada de judíos sefardíes en la década de 1960.