La presencia judía en la ciudad de Trikala parece remontarse a la época bizantina. Sin embargo, no hay muchos vestigios de dicha presencia. La llegada de judíos procedentes de España tras la Inquisición, así como la de judíos de Portugal, Hungría y Sicilia, aumentó el número de miembros de la comunidad. Gran parte de estos judíos se dedicaban al tejido de la lana.
En 1749, un incendio arrasó la ciudad y el barrio judío, y las sinagogas sufrieron graves daños. La comunidad volvió a crecer tras la liberación de la ciudad de las fuerzas turcas y su integración en el reino griego, sobre todo con la creación de un Talmud Torá y la renovación de sus sinagogas.
Según el censo de 1907, había 110 familias judías en la ciudad de Trikala. Una cifra que, veinte años más tarde, aumentó a 120 familias.
Al estallar la Segunda Guerra Mundial, el ejército griego contaba con numerosos judíos alistados, entre los que se encontraba un número considerable procedente de Trikala. Durante el Holocausto, una buena parte de los 500 judíos logró huir. En la noche del 23 de marzo de 1944, 112 fueron detenidos y deportados. Solo una decena de supervivientes regresaron a Trikala al final de la guerra.
Tras la guerra, la comunidad estaba formada por 73 familias. Se llevaron a cabo obras de renovación, especialmente en el cementerio judío de la ciudad. En 1967 solo vivían 101 judíos en Trikala. A finales del siglo XX, la población judía contaba con unos cuarenta miembros.
El barrio judío contaba con tres sinagogas: la Kahal Kadosh Yevanim, la Kahal Kadosh Sephardim y la Kahal Kadosh Sicilianim. La gran y antigua sinagoga Kahal Kadosh Yevanim fue demolida en 1930 debido a su mal estado.
Se construyó una nueva sinagoga , pero los ocupantes alemanes la dañaron rápidamente durante la guerra. Las reformas de la posguerra se vieron nuevamente afectadas, esta vez a causa de un terremoto en 1954. Se reconstruyó e inauguró en 1957.
La pequeña sinagoga que se encontraba en la calle Kondyli sufrió los mismos daños durante la guerra y el terremoto. Se reutilizó para alojar a las víctimas del terremoto.
El cementerio judío se encuentra al norte de la ciudad, cerca de la autopista que une Trikala con Kalambaka. Algunas tumbas tienen más de cuatro siglos de antigüedad. Se han llevado a cabo obras de renovación en varias ocasiones debido a deterioros naturales o intencionados. La sinagoga también sufrió daños relacionados con actos antisemitas en 2019. En 2020, volvió a ocurrir lo mismo con el cementerio.
La reinauguración de la sinagoga Kahal Kadosh Yevanim tuvo lugar en 2022. Se enmarcó en una celebración de tres días que incluyó un concierto, una ceremonia de inauguración y una exposición en un museo local sobre el proyecto de restauración.