Durante la conquista de Cerdeña por Pedro IV de Aragón en el siglo XIV, había judíos entre las tropas. Tras la conquista, algunos se establecieron allí, a los que se unieron en 1370 familias judías procedentes de Cataluña y Francia.
No obstante, la presencia judía en Cerdeña parece remontarse al menos a dos mil años atrás. En 1381 se construyó una sinagoga en Alghero, y cuatro años más tarde, un cementerio judío. Contribuyeron al desarrollo económico y territorial de la ciudad, financiando, entre otras cosas, sus fortificaciones.
Las buenas relaciones entre la comunidad y los regentes de Aragón permitieron a los judíos evitar las discriminaciones habituales de la época. Sin embargo, tras la aplicación de las medidas de la Inquisición a finales del siglo XV, su situación se deterioró rápidamente y fueron expulsados u obligados a convertirse en 1492.
En 2013, el alcalde de la ciudad presentó, en nombre de esta, una disculpa a la comunidad judía por el sufrimiento infligido durante la Inquisición y les invitó a regresar a la isla. En esa ocasión se inauguró una Plaza de los Judíos en el lugar donde se encontraba la antigua sinagoga.