La presencia judía en Génova parece remontarse al menos al siglo VI, cuando Teodorico autorizó a la comunidad a renovar allí una sinagoga, que fue destruida por actos de hostilidad de la población local. Esta presencia fue muy limitada en la Edad Media; Benjamin de Tudela solo mencionó allí la presencia de dos judíos, tintoreros originarios del norte de África.
En el periodo de la Inquisición española, se permitió a los judíos establecerse en Génova, aunque fueron expulsados en varias ocasiones a lo largo del siglo XVI. Lo mismo ocurrió con la obligación de vivir en un gueto, que en ocasiones se aplicaba de forma estricta y en otras, con mayor flexibilidad.
En 1516 se publicó en Génova la primera Biblia en varias lenguas, que combinaba hebreo, griego, latín, arameo y árabe. En ella se incluían notas al pie de página sobre Cristóbal Colón. Su hijo se quejó ante las autoridades por la descripción que se hacía de su padre. Estas ordenaron que se destruyeran los 2000 ejemplares impresos. Algunos ejemplares sobrevivieron a este decreto. Uno de ellos se subastó en Nueva York en 2017.
Aunque la población judía de Génova solo ascendía a 70 personas en 1763, la igualdad jurídica concedida en 1848 permitió que esta población creciera hasta alcanzar, en aquellos años, cerca de mil personas.
En 1935 se inauguró una nueva sinagoga para los 2500 judíos de Génova. Al igual que en el resto de Italia, serán víctimas de las leyes raciales de 1938. Tras su aplicación y antes de la ocupación alemana de la ciudad en 1943, muchos judíos logran huir. 238 judíos son deportados, de los cuales solo 10 sobrevivirán.
A finales del siglo XIX, la comunidad comenzó a utilizar un nuevo cementerio judío y las tumbas del antiguo cementerio se trasladaron a ese lugar.