La presencia judía en Lille se remonta a la Edad Media. En aquella época existían numerosas calles de los judíos en la región, especialmente en Lille, Bavai, Maroilles y Sains.
En 1023, el conde Balduino autorizó a treinta judíos de Lorena a establecerse en el norte, en las ciudades de Hautmont, Bavai y Cambrai. Al igual que otras comunidades judías de la región, los judíos fueron expulsados del reino en 1394.
Su regreso a la región se materializó en vísperas de la Revolución, con la llegada, en particular, de judíos alsacianos. Cuando se crearon los consistorios, el departamento del Norte dependía del de París. En 1809, según un censo, había ciento sesenta y seis judíos en el departamento del Norte y sesenta y tres en el de Pas-de-Calais.
En 1891 se inauguró la sinagoga de Lille. El edificio es de estilo romano-bizantino. La nave, de 17 metros de longitud, está sostenida por doce pilares de hierro fundido que simbolizan las doce tribus. En la parte superior de la sinagoga se encuentra una escultura de las Tablas de la Ley.
En 1932, había más de quinientas familias judías en Lille, 90 en los alrededores de la ciudad, 116 en Valenciennes y sus alrededores, 300 en Lens y sus alrededores, 45 en Douai, 44 en Roubaix-Tourcoing, 33 en Dunkerque, 30 en Boulogne-sur-Mer, 16 en Calais y 40 en Amiens.
Entre las grandes personalidades de la ciudad, Armand Lipman, nacido en 1857, era hijo del Gran Rabino de Lille: Benjamin Lipman. Oficial graduado de la Escuela Politécnica, combatió durante la Primera Guerra Mundial, al igual que sus tres hijos. El comandante Lipman fue conocido sobre todo como periodista, colaborando en las revistas Foi et Réveil, L’Univers Israélite, Archives Israélites y la Revue Juive de Lorraine. También participó en las actividades de la Alianza Israelita Universal.
Durante el periodo de entreguerras, numerosos refugiados se instalaron en la región de Lille. Durante la ocupación, en octubre de 1941, se censaron 987 judíos en el departamento del Norte, mientras que el resto había optado por el exilio. Dado que Lille y el Norte dependían del Gobierno militar de Bruselas, la gran redada tuvo lugar al mismo tiempo que las de Bélgica: el 11 de septiembre de 1942. Algunos judíos fueron detenidos y trasladados en tren hasta Malinas, y otros fueron recluidos en campos de trabajo para construir el Muro del Atlántico desde el verano de 1942 hasta el verano de 1944.
Los supervivientes del Holocausto reconstruyeron la comunidad tras la guerra. Esta presencia se vio reforzada por la llegada de sefardíes en los años 60. Hoy en día hay unos 3000 judíos en la región de Lille.