La presencia judía en Larisa parece remontarse a la Antigüedad. Las excavaciones arqueológicas indican que esta presencia probablemente se ha mantenido ininterrumpida durante 1900 años. Tras la Inquisición española, se instalaron allí judíos, entre los que se encontraban numerosos científicos, filósofos y empresarios. De este modo, contribuyeron al desarrollo de toda la ciudad.
La comunidad es conocida por su gran número de talmudistas. Entre ellos, Joseph Ben Ezra. Isaac Shalom, un filántropo originario de Larisa, hizo posible el mantenimiento de una yeshivá en Salónica. A lo largo de los siglos, también se establecieron allí judíos procedentes de Apulia y del Peloponeso.
La ocupación turca, que se prolongó hasta 1881, puso fin a esa prosperidad, ya que los ocupantes impusieron un régimen severo a toda la población de la ciudad. A mediados del siglo XIX, la comunidad estaba formada por 2000 personas. Durante ese periodo existió una escuela de la Alianza Israelita Universal. La mayoría vivía, y sigue viviendo, en el barrio de Exi Dromoi, en el centro de la ciudad, sin que se tratara de un gueto, ya que las diferentes poblaciones convivían en buena armonía.
En vísperas de la Segunda Guerra Mundial, había siete sinagogas en la ciudad. Durante el Holocausto, 950 de los 1175 judíos de Larisa lograron huir a las montañas. Una buena parte de ellos se unió a la guerrilla y luchó con las armas en la mano junto a los movimientos de la Resistencia. La gran mayoría de los que se quedaron fueron deportados y exterminados.
En 1987 se erigió un monumento a los mártires judíos en la plaza Evraion Martyron Katohis. En 1999 se erigió un monumento en homenaje a Ana Frank en una plaza que pasó a llevar el nombre de la joven, en memoria de los niños fallecidos durante el Holocausto.
A finales del siglo XX aún vivían unos cientos de judíos en Larisa. Allí se conserva la sinagoga Etz Hayyim . Construida en 1860, los nazis la utilizaron como establo. Fue renovada tras la guerra y reconstruida tal y como era originalmente. Sin embargo, los ocupantes destruyeron manuscritos y libros muy antiguos. Hoy en día sigue acogiendo oraciones los viernes por la noche y los sábados por la mañana, así como durante las fiestas judías. En octubre de 2019 se iniciaron de nuevo las obras de renovación gracias a donaciones.
En 1931 se inauguró una escuela judía, que sigue siendo hoy en día la única escuela pública judía del país y acoge a alumnos de diversas confesiones. Se cerró en 2017 debido al descenso progresivo del número de alumnos. Los jóvenes de la comunidad se reúnen allí una vez a la semana para realizar actividades culturales. El centro comunitario de Larissa se construyó en 1954.
Al igual que en muchas ciudades europeas, y especialmente en numerosas ciudades griegas, Larisa fue víctima de actos antisemitas. Estos actos se vieron avivados por movimientos importantes que han instrumentalizado el conflicto entre Israel y Hamás desde el pogromo del 7 de octubre. Entre estos numerosos actos, en 2025 se vandalizó un monumento en homenaje a las víctimas del Holocausto en Larisa y se causaron daños a la sinagoga.
En el barrio de Neapoli se encuentra un antiguo cementerio judío , que estuvo en uso hasta 1900. El nuevo cementerio judío se encuentra cerca del cementerio cristiano.