La ciudad de Pakruojis está situada a orillas del río Kruoja y fue fundada en el siglo XV. La sinagoga de madera, que data de 1801, es probablemente la más antigua de este tipo en el país. Durante el periodo de entreguerras, el edificio se utilizó tanto como sinagoga como escuela primaria.
La población judía local fue masacrada durante el Holocausto. Tras la guerra, el edificio se convirtió en un cine y luego quedó abandonado. Un incendio causó graves daños al edificio en 2009, lo que motivó una recaudación de fondos para restaurar este lugar. La restauración se llevó a cabo en 2015, con la ayuda de fotos antiguas de la sinagoga . Y gracias a las autoridades locales y a la ayuda de otros países europeos, principalmente Noruega.
Tras su restauración, el edificio que albergaba la antigua sinagoga volvió a abrir sus puertas en mayo de 2017. Desde entonces, sirve de sede a la biblioteca pública de la ciudad y también acoge eventos culturales. Una exposición permanente situada en la planta superior, donde antes rezaban las mujeres, permite a los visitantes descubrir la historia de los judíos de la región de Pakruojis. Un cementerio judío se encuentra a las afueras de la ciudad, en la carretera que lleva a Linkmuciai, y fue restaurado en 2011.