La ville de Pakruojis est située sur la rivière Kruoja et a été créée au 15e siècle. La synagogue en bois qui date de 1801 est probablement la plus ancienne de ce type dans le pays. A l’époque de l’entre-deux-guerres, le bâtiment fut utilisé à la fois comme synagogue et école primaire.
La population juive fut massacrée pendant la Shoah. Au lendemain de la guerre, l’immeuble a été transformé en cinéma puis est resté à l’abandon. Un feu a lourdement endommagé le bâtiment en 2009, motivant une levée de fonds pour restaurer ce lieu. Ce qui fut entrepris en 2015, avec l’aide d’anciennes photos de la synagogue. Et grâce aux autorités locales et l’aide d’autres pays européens, principalement la Norvège.
Suite à la restauration, l’immeuble abritant l’ancienne synagogue fut réouvert en mai 2017. Il sert depuis de lieu d’accueil à la librairie publique de la fille et s’y déroulent aussi des événements culturels. Une exposition permanente située à l’étage, où priait auparavant les femmes, permet aux visiteurs de découvrir l’histoire des juifs de la région de Pakruojis. Un cimetière juif est situé à l’extérieur de la ville sur la route menant à Linkmuciai et a été restauré en 2011.