La ville de Pakruojis est située sur la rivière Kruoja et a été créée au 15e siècle. La synagogue en bois qui date de 1801 est probablement la plus ancienne de ce type dans le pays. A l’époque de l’entre-deux-guerres, le bâtiment fut utilisé à la fois comme synagogue et école primaire.

La population juive fut massacrée pendant la Shoah. Au lendemain de la guerre, l’immeuble a été transformé en cinéma puis est resté à l’abandon. Un feu a lourdement endommagé le bâtiment en 2009, motivant une levée de fonds pour restaurer ce lieu. Ce qui fut entrepris en 2015, avec l’aide d’anciennes photos de la synagogue . Et grâce aux autorités locales et l’aide d’autres pays européens, principalement la Norvège.

Suite à la restauration, l’immeuble abritant l’ancienne synagogue fut réouvert en mai 2017. Il sert depuis de lieu d’accueil à la librairie publique de la fille et s’y déroulent aussi des événements culturels. Une exposition permanente située à l’étage, où priait auparavant les femmes, permet aux visiteurs de découvrir l’histoire des juifs de la région de Pakruojis. Un cimetière juif est situé à l’extérieur de la ville sur la route menant à Linkmuciai et a été restauré en 2011.