Los primeros indicios documentados de la presencia de judíos en Dijon se remontan a finales del siglo XII.
Vivían principalmente en la calle de la Petite-Juiverie, hoy llamada calle Piron , en la calle des Juifs, hoy calle Buffon , y en la calle de la Grande-Juiverie, hoy calle Charrue . La sinagoga se encontraba en la primera de estas calles. En la actual calle Berlier había un cementerio judío. Entre 1885 y 1900 se descubrieron allí unas cincuenta lápidas judías.
En la Edad Media hubo médicos judíos famosos, entre los que se encontraban Salomón de Baûme y Elie Sabbat. El siglo XIV fue testigo de una serie de expulsiones y readmisiones, al igual que en otras ciudades de Francia, hasta que finalmente se produjo una expulsión en 1394.
La emancipación que trajo consigo la Revolución Francesa permitió a los judíos regresar a estas tierras, en su inmensa mayoría de origen alsaciano. Así, la población judía pasó de 50 familias a principios del siglo XIX a 400 personas a principios del siglo XX.
La sinagoga actual, de estilo neobizantino, fue construida por el arquitecto Alfred Sirodot en la década de 1870, en sustitución de la de la calle des Champs, que se había quedado pequeña.
Gran parte de los 376 judíos de Dijon censados en 1941 y de los miembros de la Resistencia de la ciudad fueron víctimas del Holocausto. Entre ellos, el rabino Elie Cyper, prisionero de guerra en 1939 que se fugó y se unió a la Resistencia, capitán de las FFI, en particular en Périgueux, y que fue deportado y asesinado en Lituania en 1944. La ayuda de la población de Dijon y de las redes de pasadores permitió que la mitad de los judíos de Dijon huyeran hacia el sur.
Tras la guerra, la comunidad se reconstruyó, sobre todo gracias a la llegada de judíos procedentes del norte de África y de Alsacia.
En mayo de 2024, la ciudad de Dijon rindió homenaje a las personas detenidas y posteriormente deportadas durante la redada del 26 de febrero de 1942, con la inauguración de tres adoquines conmemorativos. Los descendientes de los once deportados participaron en la ceremonia. Un proyecto impulsado por un profesor de historia contemporánea del instituto internacional Charles de Gaulle. Sus alumnos le acompañaron en un trabajo de investigación sobre las víctimas de esta redada, lo que permitió este homenaje.