La presencia judía en Libourne parece remontarse al menos al siglo XVI, y queda confirmada cuando se menciona la existencia de una sala de oración en la calle de Périgueux, en el siglo XVIII. Sin embargo, el lugar de culto donde se reunían los judíos en el siglo siguiente era una casa de la calle Lamothe.
En 1840, la población judía de Libourne se estimaba en 77 personas, de una población total de 9 714 habitantes. Los responsables de la comunidad eran entonces Jacob López y Lazare Brunswick.
La inauguración de la sinagoga de Libourne tuvo lugar en 1847. Más concretamente, el 3 de septiembre, día en que se celebraba Rosh Hashaná, durante un oficio oficiado por David Marx, gran rabino de Burdeos.
Cerrada en 1912, la sinagoga permaneció así la mayor parte del tiempo, especialmente durante la Segunda Guerra Mundial. Los rollos de la Torá se conservaron en una casa de Burdeos y se devolvieron en 1950.
Tras la llegada de judíos del norte de África a partir de la década de 1960, la sinagoga volvió a abrir sus puertas en 1962.
Cada 10 de enero, en Libourne, se celebra una conmemoración en homenaje a los 60 judíos de Libourne deportados durante la redada del 10 de enero de 1944. La ceremonia de 2023 se celebró en presencia de Yonathan Arfi, presidente del CRIF, que acudió para apoyar la labor de memoria llevada a cabo desde 2004 por la asociación Souvenir de Myriam Errera. Esta fue creada por las primas de la joven de Libourne, de 17 años, que fue detenida en la redada.