La presencia de judíos en Chalon se remonta al menos al siglo IX, según documentos de la época relacionados con conversiones forzadas. Algunos documentos del siglo XII mencionan el oficio de viticultor, ejercido sobre todo por judíos de Chalon.
La comunidad judía tenía un cementerio situado en la actual calle des Places y un mikvé en Saint-Jean-des-Vignes. La calle de los Judíos se encontraba en la actual Grand’rue. El talmudista Eliezer ben Yehouda vivió allí en el siglo XI.
Tras las expulsiones del siglo XIV, se permitió a los judíos de Chalon volver a establecerse allí, hasta la expulsión de 1394. La emancipación concedida por la Revolución Francesa permitió a los judíos regresar a Chalon-sur-Saône, al igual que a otros municipios de Francia, y la comunidad se estableció oficialmente allí en 1871, gracias sobre todo a la llegada de judíos de Alsacia-Lorena. La sinagoga fue inaugurada en 1882. Desde finales de la década de 1960, un centenar de judíos de Chalon residen en la ciudad y sus alrededores.
Con motivo de las conmemoraciones del 80.º aniversario de la liberación del campo de Auschwitz, a finales de enero de 2025, los alumnos del instituto agrícola de Fontaines trabajaron durante una semana sobre este tema. Lo hicieron en colaboración con el ayuntamiento, especialmente en el marco de diversos encuentros, y visitaron la sinagoga de Chalon-sur-Saône. Acogidos por la comunidad judía, los alumnos pudieron comprender mejor las cuestiones relacionadas con el culto, la cultura y la historia del judaísmo, y debatir sobre temas como la tolerancia y la lucha contra la discriminación.