Una tumba hallada en la ciudad de Agrigento da fe de la presencia judía desde la Antigüedad. Unas cartas encontradas en la Genizá de El Cairo mencionan esta presencia en el siglo XI. En la Edad Media, los judíos estaban sujetos a impuestos de la Iglesia y se les limitaba en el ejercicio de su culto. Se les obligaba a contribuir a la recaudación de fondos, sobre todo para equipar a las tropas del rey.
Entre las personalidades de la época destaca Faraj da Agrigento, uno de los principales traductores de Carlos de Anjou. Las escuelas judías también sufrieron presiones en cuanto al contenido de su enseñanza. Tras la Inquisición, la vida judía no se reanudó en Agrigento.
En 2016 se inauguró un Jardín de los Justos en Agrigento, en el corazón del Valle de los Templos.