La presencia de los judíos de Auxerre en la capital del departamento de Yonne queda atestiguada gracias a una carta de Rashi dirigida a los talmudistas de la región.
Uno de los barrios judíos se encontraba cerca de la Puerta Féchelle. La antigua calle del Puits des Juifs es la actual calle del Pont .
Una piedra de una de las paredes de la Torre del Reloj contiene una inscripción en hebreo.
Los judíos fueron expulsados de la ciudad en varias ocasiones entre 1184 y 1393. Los judíos de Auxerre volverían a formar parte de la ciudad con el aire de emancipación de la Revolución Francesa. Sin embargo, en vísperas de la Segunda Guerra Mundial solo quedaban 70 judíos.