La présence des juifs auxerrois dans la capitale de l’Yonne est attestée grâce à une lettre de Rachi adressée aux talmudistes de la région.
Un des quartiers juifs se situait près de la Porte Féchelle. L’ancienne rue du Puits des Juifs est l’actuelle rue du Pont.
Une pierre d’un mur de la Tour de l’Horloge contient une inscription hébraïque.
Les juifs furent expulsés de la ville à plusieurs reprises entre 1184 et 1393.
Les juifs auxerrois feront à nouveau partie de la ville avec le vent d’émancipation de la Révolution française. Néanmoins, il n’y avait que 70 juifs à la veille de la Seconde Guerre mondiale.