La presencia de judíos en Mâcon está documentada desde el año 820, cuando se ejercieron presiones sobre ellos para que se convirtieran. Sin embargo, su presencia se remonta al menos al siglo VI.
Gran parte de ellos eran entonces viticultores. En Bourgneuf se estableció un barrio judío. El Museo de las Ursulinas de Mâcon conserva lápidas judías medievales.
Tras la expulsión de los judíos en 1394, una pequeña comunidad pudo finalmente volver a establecerse allí tras la emancipación concedida por la Revolución Francesa.
En vísperas de la Segunda Guerra Mundial, solo había unas cincuenta familias judías en Mâcon. En 1962 se habilitó una sinagoga para una comunidad en crecimiento tras la llegada de judíos del norte de África durante esa década.