En 1182, Felipe Augusto decidió expulsar a los judíos de la capital: las sinagogas se convirtieron en iglesias y los inmuebles propiedad de judíos se vendieron en beneficio del rey. Con los fondos así recaudados, el soberano mandó construir la torre del homenaje del castillo de Vincennes, así como una muralla alrededor del bosque. En la propia ciudad, construyó un mercado en el antiguo barrio de Champeaux, ahora deshabitado. La expulsión de los judíos fue, por tanto, el origen de la implantación de las antiguas lonjas de París.
Sin embargo, diecisiete años más tarde se vuelve a mencionar la contribución de los judíos a la prosperidad económica. Se establecieron en el barrio de Saint-Bont, cerca del actual Centro Georges Pompidou, en la calle des Rosiers; así como en la margen izquierda, entre la calle de la Harpe y el bulevar Saint-Germain. Es precisamente aquí donde se situaba entonces el «barrio judío» más importante de la época. Las obras realizadas en el siglo pasado sacaron a la luz un importante cementerio judío medieval en este lugar.
En el siglo XIII, bajo la autoridad del rabino Yehiel, la Escuela Judía de París alcanzó su máximo esplendor. El 6 de junio de 1242, tras una disputa teológica entre el rabino y Nicolás Donín, un judío apóstata, San Luis mandó quemar en la Place de Grève (actual Place de l’Hôtel de Ville) todos los ejemplares del Talmud encontrados en la capital. El rabino Yehiel abandonó definitivamente Francia y se marchó a fundar una nueva escuela en San Juan de Acre. En 1394, Carlos VI promulgó un decreto de expulsión que prohibía a los judíos residir en París. No fue hasta cuatro siglos más tarde, en la época de la Ilustración, cuando se les permitió regresar a la ciudad.
Asesinato en el Petit Pont.
Un sábado por la mañana del año 583, un judío envuelto en su chal de oración cruza el Sena por el Petit-Pont para dirigirse a la sinagoga de la Île de la Cité. Este hombre se llama Prisco y es el tesorero del rey merovingio Chilperico I. En ese momento, Phatir, un judío renegado, se abalanza sobre él y lo apuñala hasta matarlo. Este drama, relatado por Gregorio de Tours en su Historia de los francos, constituye el primer episodio históricamente confirmado de la historia del judaísmo parisino.