La ville porte le nom de Bagnos (« petit bain ») qui sera complété en Baigneux-les-Juifs suite à la venue de nombreux juifs dans cette nouvelle agglomération. La présence juive semble dater du 13e siècle. La synagogue médiévale était située . Néanmoins, à la fin du Moyen Age, comme dans de nombreux autres lieux en France à l’époque, les juifs furent expulsés de la ville.
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