La communauté juive a existé depuis l’époque wisigothique et elle se développa considérablement sous l’occupation musulmane. À l’arrivée des premières troupes chrétiennes en 1266 sous le commandement d’Alphonse X de Castille on comptait de nombreuses synagogues, mais la plupart des juifs préférèrent quitter la ville pour se réfugier à Grenade, encore aux mains des musulmans.

Quelques années plus tard, Alphonse X le Sage cherche à repeupler la ville, il invite les juifs de Castille à venir s’y installer. 90 familles arrivent avec les noms caractéristiques de la Vieille Castille, castellano, carrion, castro. En plus des maisons abandonnées par les Arabes, ils reçoivent du roi un magasin-dépôt de farine, deux synagogues, un hôpital-auberge, pour accueillir et soigner les réfugiés juifs et surtout la protection royale.

Le cœur de la Judería était l’actuelle rue de la Judería , ancienne rue de la synagogue. La première synagogue était dans la rue du même nom, la deuxième sur l’actuelle Plaza Santo Angel mais elle a été détruite en 1479.

Ce quartier juif était situé entre la Porte de Séville et la Porte Royale dans les rues actuelles de Torneria, Juderia, Eguilaz, San Cristobal, Alvar Lopez, Cuatro Juanes, Plaza del banco et Plaza del Progreso. Si les juifs devaient habiter ce quartier, ils travaillaient et commerçaient dans toute la ville et, bien entendu, autour du marché. Ils avaient cependant l’obligation de revenir dormir dans la judería qui fermait ses portes le soir.

En 1391, après la flambée de violence, les prédications des dominicains du couvent de Santo Domingo de la ville portent leurs fruits et la plupart de la population juive (entre 3 000 et 9 000 personnes) se convertit. L’inquisition tente l’expulsion en 1483, mais sans succès. En 1492, les juifs quittent la ville pour se réfugier vers le Portugal.