La présence juive à Pise date probablement du 12^e siècle mais pourrait être plus ancienne. Benjamin de Tudèle, décrivant ainsi la ville : « Tous les habitants sont courageux ; aucun roi ni prince ne les gouverne, l’autorité suprême étant dévolue à des sénateurs élus par le peuple. Les principaux représentants des vingt Juifs résidant à Pise sont R. Moïse, R. Haïm et R. Joseph. La ville n’a pas de remparts et se trouve à environ quatre miles de la mer. La navigation s’effectue à l’aide de bateaux qui sillonnent l’Arno, un fleuve qui traverse la ville. »

Le juifs de Pise travaillent les siècles suivants dans la banque et le commerce, comme de nombreux concitoyens dans cette ville carrefour d’échanges entre différentes religions et civilisations. Jusqu’au 18^e siècle la population juive tenta de se maintenir et déclina, notamment à cause de la chute économique due notamment à la concurrence de Livourne. A l’époque napoléonienne puis surtout à la fin du 19^e siècle, les juifs de Pise furent intégrés totalement à la vie sociale, économique et politique, Alessandro D’Ancona devenant même maire entre 1906 et 1907. Et des professeurs d’universités aux soldats sur les champs de bataille pendant la Première Guerre mondiale, les juifs prirent pleinement part à la vie pisane.

Comme dans de nombreuses autres villes européennes, la ville de Pise a subi de violentes manifestations d’antisémitisme suite à l’importation et l’instrumentalisation du conflit entre Israël et le Hamas suite au pogrom du 7-Octobre. Notamment dans son université où un professeur s’opposant au boycott contre Israël a été frappé par des étudiants en plein cours en septembre 2025.

L’actuelle synagogue, construite en 1756, a été plusieurs fois remaniée, notamment à la fin du XIXe siècle.