A l’image de la ville de Tallinn, la communauté juive de Tartu fut principalement fondée par des soldats russes en retraite, auparavant en poste dans la ville. Ainsi, les anciens soldats de Nicholas construisent une synagogue en 1876 à Tartu.
Au tournant du 20e siècle, il y avait près de 1800 juifs présents dans la ville et des institutions scolaires florissantes.
Parmi elles, l’Association pour l’étude de l’Histoire juive et de la littérature. Parmi ses membres, Jacob Bernstein Kogan.
Néanmoins, ce chiffre déclina et ils ne furent plus que 920 en 1934. Une conséquence notamment de la russification de l’université de Tartu qui imposa un quota, réduisant le nombre d’étudiants juifs admissibles.
Un séminaire d’études juives fut ouvert à l’université en 1934, sous la direction de L. Gulkowitsch puis de M.J. Nadel et H.J. Port accueillant. Cette vie intellectuelle intense fut interrompue par l’invasion soviétique puis l’occupation allemande. La Shoah fit beaucoup de victimes dans la ville. La synagogue fut détruite pendant la guerre. Le Musée national d’Estonie conserve aujourd’hui des objets qui y furent présents.
Au lendemain de la guerre, 200 juifs retournèrent dans la ville, rejoints par la suite par des juifs issus d’autres lieux de l’URSS. Toutefois, une bonne partie d’entre eux émigrèrent en Israël au tournant de la guerre des Six jours.