Si l’origine de la présence des juifs jovigniens n’est pas certaine, sa présence médiévale est notamment remarquée par le nombre de tossafistes qui vivent dans la ville au 12e siècle.
Parmi eux, Menahem Perez de Joigny et Yom Tov Ben Isaac de Joigny. Suivront d’autres éminents érudits, avant l’expulsion du 14e siècle.
L’émancipation des juifs de France grâce à la Révolution française ne fera pas revenir beaucoup de juifs dans la ville. Ainsi, Joigny recense 10 juifs en 1841. La rue des Juifs est le seul vestige de cette riche époque culturelle médiévale.