La synagogue (moderne) n’est pas un édifice monumental mais plutôt un bâtiment bas, ressemblant à une maison d’habitation, comme l’immense majorité des synagogues d’avant la Shoah.
La présence juive dans la ville de Tallinn semble dater du 14e siècle. De 1561 à 1710, lors de la prise de la ville par l’armée suédoise, l’installation de juifs fut interdite.
Suite à cela, Tallinn fut capturée par la Russie. Mais la réinstallation dans la ville ne fut pas beaucoup facilitée.
Ceux qui fondèrent une communauté furent principalement issus des rangs militaires russes en poste dans la ville. Une synagogue fut fondée à Tallinn en 1883 et située dans le centre-ville, un lieu d’accueil qui motiva la venue d’autres juifs dans la ville et la création d’un centre culturel, d’un mikvé et de boucheries. Ainsi, en 1897, la population juive était de près de 1200 personnes.
En 1922, on compta près de 2000 juifs et une vie culturelle très présente, notamment scolaires. L’annexion par l’URSS en 1940 mit fin à l’organisation communautaire locale. Des mesures brutales furent appliquées par les soviétiques.
Suite à l’occupation allemande, la Shoah fit un très grand nombre de victimes dans la ville et la synagogue fut détruite par des bombardements. Très peu survécurent, on estime à près de 10000 personnes assassinées.
La présence juive fut assez stable entre la fin de la guerre et les années 1970, tournant autour de 3700 personnes. Suite à la Perestroïka et à l’indépendance du pays, de nombreux juifs émigrèrent, principalement vers Israël.
Suite à la Perestroïka et l’accès à l’indépendance de l’Estonie, une Société culturelle juive fut fondée dans la ville en 1988. L’année suivante, une école juive fut ouverte. Il n’y avait pas de synagogue, mais des lieux prêtés pour accueillir temporairement les prières et célébrations.
Une nouvelle synagogue vit le jour à Tallinn au tournant du 21e siècle. En 2012, la présence juive fut estimée à 1700 personnes, bien loin des 5500 en 1959. L’ouverture constitua un événement marquant puisqu’il s’agissait de la première synagogue bâtie après-guerre et se déroula en présence du Premier ministre. Le bâtiment accueille également un lieu de restauration cacher, un mikvé et un musée .
Un ancien cimetière juif est présent à Tallinn depuis 1856, rue Magaziin. Un nouveau cimetière a été ouvert en 1909 rue Rahumae. A l’occasion du centenaire, il fut rénové et accueille un monument en hommage aux victimes de la Shoah.