La ville porte le nom de Bagnos (« petit bain ») qui sera complété en Baigneux-les-Juifs suite à la venue de nombreux juifs dans cette nouvelle agglomération.
La présence juive semble dater du 13e siècle. La synagogue médiévale était située rue Vergier-au-Duc .
Néanmoins, à la fin du Moyen Age, comme dans de nombreux autres lieux en France à l’époque, les juifs furent expulsés de la ville.